Description du test
Dans une seconde étape, les isolats sont étudiés plus en détail par le LM-UGent (max. 1 isolat par patient par an, sauf si la RAPD montre des différences).
Confirmation moléculaire de l’identification
Le LM-UGent utilise les techniques d’identification les plus appropriées pour confirmer définitivement l’identification des isolats, c.a.d. séquence du gène recA pour Burkholderia cepacia complexe.
Multilocus sequence analysis (MLST)
Tous les Burkholderia spp. des patients atteints de mucoviscidose seront typés par la méthode MLST basée sur le WGS.
Les isolats des autres patients ne seront typés par MLST que s’il existei une indication particulière.
But du test
L’association d’une évolution clinique défavorable de la fonction pulmonaire chez les patients atteints de mucoviscidose et la présence de certains micro-organismes dans les échantillons respiratoires est encore insuffisamment confirmée. Un “syndrome cepacia” avec détérioration rapide et parfois une issue fatale à court terme a été associée à une infection par B. cenocepacia. Il n’est cependant pas clair si toutes les souches de cette espèce ou seulement un sous-groupe est responsable pour ce tableau clinique défavorable ni si d’autres espèces de ce groupe montrent aussi une virulence accrue.
Critères pour effectuer ce test dans le cadre des activités de référence
Patients atteints de mucoviscidose: ces tests seront effectués systématiquement une fois par an par patient sauf si la RAPD démontre qu’une nouvelle souche est apparue.
Autres patients: ces tests sont seulement effectués pour des cas particuliers et des études taxonomiques.
Prélèvement des échantillons
Spécimens
Pas d’application (voir ci-dessus)
Conservation
Pas d’application (voir ci-dessus)
Transport
Pas d’application (voir ci-dessus)
Demandes inacceptables
Indications
Pas d’application (voir ci-dessus)
Enchantillons
Pas d’application (voir ci-dessus)
Turnaround time
Confirmation moléculaire de l’identification : maximum 17 jours
Multilocus sequence analysis (MLST) : maximum 90 jours. Veuillez contacter le CNR en cas de suspicion de transmission interhumaine.
Transmission des résultats
Les résultats seront transmis par l’UZ Brussel. (voir ci-dessus)