Identification définitive et typage des isolats à Gram négatif inertes autres que le complexe Burkholderia cepacia (LM-UGent)

Last updated on 28-11-2022 by Sofieke Klamer

Description du test

Dans une seconde étape, les isolats sont étudiés plus en détail par le LM-UGent (max. 1 isolat par an, sauf si la RAPD montre des différences).

Confirmation moléculaire de l’identification

Le LM-UGent utilise les techniques d’identification les plus appropriées pour confirmer définitivement l’identification des isolats, c.a.d.

Cupriavidus, Ralstonia, Pandorea: séquence du gène gyrB
Stenotrophomonas : séquence du gène rpoD
Achromobacter en Bordetella: séquence du gène nrdA
Autres bacilles à gram négatif inertes: séquence du rRNA 16S

Quand nécessaire, d’autres études taxonomiques seront effectuées.

Multilocus sequence analysis (MLST)

Tous les Burkholderia spp. des patients atteints de mucoviscidose seront typés par la méthode de MLST basée sur le WGS.
Les isolats des autres patients et d’autres genres ne seront typés par MLST que s’il existe une indication particulière.

But du test

L’association d’une évolution clinique défavorable de la fonction pulmonaire chez les patients atteints de mucoviscidose et la présence de certains micro-organismes dans les échantillons respiratoires est encore insuffisamment confirmée. Une identification précise et fiable des bacilles à Gram négatifs inertes et même un sous-typage au sein des espèces est nécessaire pour mieux évaluer la valeur pronostique de la culture de ces micro-organismes. Pour cela l’utilisation des techniques les plus modernes est nécessaire pour aller les plus loin possible dans la caractérisation de ces isolats.