Génotypage par Whole Genome Sequencing (WGS)

Description du test  

Précisions :

Extraction de l’ADN génomique, séquençage au moyen d’une méthodologie accréditée par l’ISO (en dry et en wet lab).
À partir de ces NGS, l’identification du MLST (type de séquence multilocus) est effectuée à l’aide de la méthode Ragon: Détermination du “sequence type” (ST) et du complexe clonal des souches de Listeria. La nomenclature des séquences de 7  ‹gènes de ménage› est assignée selon une base de données en ligne (Institute Pasteur, Paris).

cgMLST (core genome MLST): Les séquences d’une série de gènes du ‹génome de base› sont obtenues par ‘Whole genome sequencing’ et comparées à une base de données en ligne (Institut Pasteur, Paris).  

Résultat :

Sous typage des Listeria permettant de comparer les souches entre elles afin de rechercher l’origine de la contamination.

But du test 

Sous-typage moléculaire de Listeria par des analyses à base de NGS.

Critères pour effectuer ce test dans le cadre des activités de référence

Sous-typage moléculaire de toute Listeria monocytogenes (confirmée par le CNR) isolée d’un patient présentant les symptômes d’une listériose (analyse réalisée dans le cadre de la surveillance du CNR Listeria).

Instructions relatives aux échantillons

• Type : Le demandeur envoie une souche isolée et purifiée de Listeria dans un tube de transport. La culture sur milieu liquide ou solide ou exceptionnellement ADN extrait d’un échantillon.
• Quantité minimale : néant

Instructions relatives au transport 

Acheminement dans un double emballage et à température ambiante.

Le récipient doit être fermé hermétiquement.

Demandes non acceptées

Pas d’application.

Délai pour recevoir le résultat des tests (et fréquence d’analyse)

• Délais : 20 jours ouvrables 
• Jours d’analyse :  Tous les jours ouvrables (sauf les jours fériés, les week-ends prolongés et la période entre Noël et le Nouvel An). 

Communication des résultats des tests

Le rapport d’analyse est envoyé de la manière souhaitée par le demandeur.