Whole Genome Sequencing

Whole Genome Sequencing et génotypage des souches du complexe Mycobacterium tuberculosis

Description du test

Le Whole Genome Sequencing (WGS) est réalisée sur les cultures de Mycobacterium tuberculosis complexe.

Elle permet de déterminer la séquence génomique des souches, et après analyse bioinformatique, d’en extraire les informations suivantes :

• Distinction entre les espèces du complexe M. tuberculosis (M. tuberculosis, M. bovis, M. africanum,….)
• Détection des mutations de résistance connues à l’heure actuelle pour les antibiotiques de première et deuxième ligne
• Détermination de la lignée génétique et extraction de la signature cgMLST permettant :

  • de vérifier si un patient est atteint d’une rechute de tuberculose ou d’une réinfection exogène

  • de détecter une épidémie de tuberculose touchant différents patients (cluster)

  • de détecter une éventuelle contamination croisée de laboratoire (contamination d’un échantillon par le prélèvement voisin au cours de la mise en culture d’une série d’échantillons).

Résultat :

Détermination du profil génétique des souches analysées, et analyse bioinformatique de celui-ci permettant la distinction des espèces au sein du complexe et la détection de mutations de résistance.

Comparaison entre eux des signatures cgMLSTde différentes souches et identification de clusters de souches identiques.

But du test

• Détermination du profil génétique des souches du complexe Mycobacterium tuberculosis.
• Distinction entre les espèces du complexe Mycobacterium tuberculosis
• Détection de mutations de résistance aux antibiotique de première et deuxième ligne
• Détection d’épidémies de tuberculose.
• Confirmation de contamination intra-familiale ou au sein d’un groupe d’individus.
• Différence entre rechute de tuberculose ou réinfection exogène.
• Détection de contaminations croisées de laboratoire (exclusion de faux positifs).

Critères pour effectuer ce test dans le cadre des activités de référence

Ce test est toujours effectué dans le cadre des activités de référence que ce soit dans un but épidémiologique (tracer les voies de contamination de la tuberculose) ou de suspicion de contmination croisée de laboratoire (exclure les faux positifs, soit les patients faussement identifiés comme tuberculeux) ou pour détecter des résistances aux antibiotiques (BELTA.TBnet)

Instructions sur les échantillons

Type : Culture du complexe Mycobacterium tuberculosis sur milieu spécifique liquide ou solide

Quantité minimale : 3-5 ml ou 1 tube (milieu solide).

Instructions sur le transport

Acheminement dans un triple emballage et à température ambiante.

Le récipient doit être fermé hermétiquement.

Demandes non acceptées

Culture abîmée, de volume insuffisant ou ayant coulée dans l’emballage.

Culture contaminée ou de mycobactérie atypique.

Délai pour recevoir le résultat des tests (et fréquence d’analyse)

Délais : 30 jours ouvrables

Jours d’analyse : 1 fois/semaine.

Communication des résultats des tests 

• Un rapport d’analyse est envoyé pour chaque demande d’analyse reçue​  
• Dans le cas d’une demande par téléphone ou email, une réponse est envoyée par email (ou par papier si demandé explicitement).
• Si, lors de la réception de l’échantillon, celui-ci est endommagé à un point tel que son analyse s’avère impossible, le demandeur sera contacté et un formulaire standard lui sera envoyé (au lieu d’un rapport d’analyse).​