COVIDDIVER - Développement d’une méthode pour évaluer la diversité des souches du SARS-CoV-2 en circulation en Belgique

La variabilité du nouveau coronavirus (SARS-CoV-2) joue un rôle déterminant dans la conception de tests de diagnostic précis et le développement de vaccins et d’agents antiviraux. Dans ce projet, Sciensano élabore une méthode pour analyser des données de séquençage à haut débit du génome entier de souches présentes dans des échantillons environnementaux (p. ex. effluents). Les résultats issus de ce projet contriburont cerner la diversité des souches (variants) du SARS-CoV-2 en circulation dans la population belge.

Le SARS-CoV-2 observé dans les eaux usées émane principalement des matières fécales de personnes contaminées. Par conséquent, un échantillon d’eaux usées peut contenir plusieurs souches virales provenant de différents individus. Sciensano élabore une stratégie d’identification des différentes souches au niveau du laboratoire humide  réalisation du séquençage du génome complet sur des échantillons  et au niveau bio-informatique  analyse informatique des données obtenues  dans le but d’avoir une vue d’ensemble de la diversité des variants du SARS-CoV-2 au sein de la population belge. Notre stratégie englobe deux approches :

1. L’approche in silico : combiner et analyser les données WGS 
2. L’approche in vivo : optimiser et mettre en œuvre la stratégie actuelle de séquençage à partir d’une PCR pour cibler le génome entier du SARS-CoV-2 en utilisant des mélanges artificiels composés de différentes souches de variants.

Les résultats de ce projet contriburont à évaluer la diversité du SARS-CoV-2. Depuis janvier 2021, des variants cocirculent. Avec le déploiement de vaccins et de médicaments antiviraux, cette propagation pourrait s’accroître encore plus rapidement. De plus, ces variants risquent d’altérer l’efficacité des tests de diagnostic. Cette approche vient soutenir la surveillance épidémiologique actuelle ; elle pourrait même être étendue à d’autres pathogènes.