Beschrijving van de test
Naast de systematische typering worden de volgende technieken retrospectief uitgevoerd op groepen van isolaten om de resultaten van de eerste typering te confirmeren en aan te vullen. De frequentie van uitvoering hangt af van de epidemiologische situatie.
Whole-genome sequencing (WGS)-gebaseerde typering:
- O:H-type
- Overige varianten van het stx gen (stx1a, c, d en stx2b, c, e, g)
- aaiC en aggR: enteroaggregatieve genen
- ehxA: enterohemolysine
WGS-gebaseerde core-genome multi-locus sequence typing (cgMLST):
De WGS-data worden gebruikt voor cluster detectie d.m.v. cgMLST.
De cgMLST-clusterdetectie vervangt de Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) die sinds 2019 niet meer uitgevoerd wordt.
IS621 typering van STEC O26 isolaten: enkel op bijzonder verzoek bij vermoeden van uitbraken.
Doel van de test
Bijdrage tot studie van de epidemiologie van STEC infecties.
Criteria om deze test uit te voeren in het kader van de referentieactiviteiten
Alle stammen positief voor een Shiga toxine gen worden verder onderzocht, meestal maandelijks.
Instructies voor monsters
nvt
Instructies voor transport
nvt
Onaanvaardbare aanvragen
nvt
Turn around time (en frequentie van analyse)
Variabel, volgens noden
Rapportering van testresultaten
Globale rapportering in een jaarverslag
Individueel bij epidemische toestanden of op speciaal verzoek
Tussentijdse resultaten worden verzonden naar de ECDC (via Sciensano)