Opsporing van mycobacteriën op een klinisch staal door PCR amplificatie

Whole Genome Sequencing (WGS) en genotypering van de stammen van het Mycobacterium tuberculosis complex

Beschrijving van de test 

Whole Genome Sequencing (WGS) is uitgevoerd op culturen van Mycobacterium tuberculosis complex.

Hiermee kan de genoomsequentie van de stammen worden bepaald en, na bio-informatica-analyse, de volgende informatie zijn geëxtraheerd:

• Onderscheid tussen de soorten van het M. tuberculosis complex (M. tuberculosis, M. bovis, M. africanum,….)
• opsporing van bekende resistentiemutaties voor eerste- en tweedelijns antibiotica
• Bepaling van de genetische afstamming en extractie van de cgMLST profiel waardoor :
  • om na te gaan of een patiënt een terugval van tuberculose of een exogene re-infectie heeft,
  • om een epidemie van tuberculose die verschillende patiënten treft op te sporen (cluster),
  • om een eventuele kruisbesmetting in een laboratorium op te sporen (besmetting van een staal door het naburige staal tijdens het inzetten van de kweek van een reeks stalen)

Resultaten:
Bepaling van het genetische profiel van de geanalyseerde stammen, en bio-informatica-analyse van dit profiel waardoor de soorten binnen het complex kunnen worden onderscheiden en resistentiemutaties kunnen worden opgespoord.

Onderlinge vergelijking van de cgMLST profiel van verschillende stammen en identificatie van clusters van identieke stammen.

Doel van de test

• Genotypering van stammen van het Mycobacterium tuberculosis complex
• Onderscheid tussen soorten van het Mycobacterium tuberculosis-complex
• Detectie van eerste- en tweedelijns antibioticaresistentiemutaties
• Detectie van een tuberculose-epidemie
• Bevestiging van intrafamiliale contaminatie of contaminatie in een groep van mensen
• Veschil maken tussen een terugval van tuberculose en een exogene herinfectie
• Detectie van kruiscontaminatie in het laboratorium (valse positieven).

Criteria voor het uitvoeren van deze test in het kader van de referentie activiteiten.

Deze test wordt altijd uitgevoerd in het kader van de referentieactiviteit zij het in een epidemiologische context (het opsporen van de transmissiewegen van tuberculose) of bij een vermoeden van kruiscontaminatie in het laboratorium (uitsluiten van vals positieve resultaten of het uitsluiten van patiënten die foutief als tuberculeus werden aanzien) of om antibioticaresistentie op te sporen (BELTA.TBnet).

Instructies betreffende het staal

Type: Cultuur van het Mycobacterium tuberculosis complex op een vast of in een vloeibaar specifiek milieu

Minimale hoeveelheid: 3-5 ml of 1 cultuurbuis.

Instructies voor het transport

Transport in een driedubbele verpakking en op kamertemperatuur
De recipiënt moet hermetisch gesloten zijn.

Niet aanvaarde aanvragen

Beschadigde cultuur, onvoldoende volume of wanneer de cultuur is uitgelopen in de verpakking.

Gecontamineerde cultuur of cultuur van atypische mycobacteriën.

Turn around time (en de frequentie van analyse)

Doorlooptijd: 30 werkdagen

Analysedagen: 1 keer/week.

Rapportering van testresultaten

Een analyserapport wordt voor elke analyseaanvraag verstuurd.

In geval van een telephonische aanvraag of per email, zal het rapport via email verzonden worden (of papier op uitdrukkelijk verzoek)

Indien bij receptie het staal zodanig beschadigd is dat de analyse niet kan uitgevoerd worden, zal de aanvrager gecontacteerd worden en zal een standaard formulier verstuurd worden (in plaats van een analyse rapport). ​