Sci. report, recommendat°, guidance doc., directive, monograph
French
SCIENSANO
Abstract:
Abstract
En Belgique, l’AFSCA surveille la situation de la résistance antimicrobienne (AMR) à la fois dans les denrées alimentaires que chez les animaux producteurs d’aliments (production primaire). La résistance chez les bactéries zoonotiques Salmonella et Campylobacter et chez les Staphylococcus aureus résistants à la méthicilline (MRSA), ainsi que la résistance chez les bactéries indicatrices Escherichia coli, Enterococcus faecalis et Enterococcus faecium ont été surveillées en 2020. Les surveillances des Salmonella, Campylobacter et MRSA ont été effectuées uniquement chez la volaille en 2020. De même, une surveillance spécifique comprenait l'évaluation des niveaux d’E. coli producteurs présumés de bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE)-/AmpC-/carbapénémases provenant d'animaux destinés à l'alimentation et des viandes provenant de ces catégories d’animaux a été aussi réalisée. La résistance microbiologique a été évaluée à l'aide des valeurs seuils épidémiologiques (ECOFF).
Chez Campylobacter jejuni isolés à partir de la viande de volaille une diminution de la résistance est remarquée pour les fluoro(quinolones) (60%) et la tétracycline (40%). De même une augmentation du nombre d’isolats sensibles à tous les antibiotiques testés a été remarquée en 2020. Les taux de résistance ont également été déterminés pour Campylobacter coli isolés à partir de la viande de volaille. Le profil de résistance observé est similaire à celui de C. jejuni bien que le niveau de prévalence de la résistance soit supérieur chez C. coli que C. jejuni. La surveillance de Campylobacter jejuni dans la matière fécale de poulets de chair montre un profil de résistance similaire à ceux retrouvés dans les viandes de volaille. Ce profil de résistance comprend les fluoro(quinolones) et la tétracycline et a été retrouvé dans 60% des isolats.
Chez Salmonella spp. provenant de carcasses de volailles à l’abattoir, le sérovar prédominant est Infantis, comme dans les années précédentes, et le taux de multirésistance est très élevé (88.52%). Un profil commun de résistance à l’ampicilline, sulfaméthoxazole, tétracycline et fluoro(quinolones) se retrouve fréquemment chez ce sérotype. La résistance aux céphalosporines de troisième génération a été détectée exclusivement dans un isolat de S. Minnesota.
Une surveillance spécifique d’E. coli productrices de BLSE, AmpC ou de carbapénémases a été menée dans les populations d’animaux, volailles, porcs d’engraissement et bovins de moins d’un an et dans les viandes fraiches de ces 3 populations d’animaux. Comme attendu, le taux de prévalence le plus élevé est retrouvé chez la volaille (79%), suivi des bovins de moins d’un an (76%) et des porcs d’engraissement (44%). En ce qui concerne les viandes fraiches des 3 catégories d’animaux précédentes, le taux le plus élevé a été retrouvé chez la viande de volaille (50.4%), suivi de la viande de bœuf (2.68%) et de la viande de porc (2.02%). Malgré une prévalence très basse chez la viande de bœuf et de porc, les isolats montrent une forte multirésistance. Aucun isolat n’a été isolé de la surveillance spécifique aux carbapénémases présumées et aucun n’a été détecté résistant au méropénème.
Chez les E. coli indicateurs isolés à partir de matière fécale dans les trois populations d’animaux producteurs de viande à l’abattoir, le taux de résistance aux antibiotiques de dernier choix (colistine, tigécycline et méropénème) était très faible ou inexistant. A noter, la diminution progressive de la résistance aux fluoro(quinolones) chez la volaille (50%), les bovins (20%) et les porcs d’engraissement (<10%). En ce qui concerne les céphalosporines de troisième génération, une résistance <10% a été retrouvée pour les trois catégories d’animaux.
La surveillance des Staphylococcus aureus résistants à la méthicilline (MRSA) chez les animaux producteurs de denrées alimentaires a été réalisée chez la volaille en 2020. En effet, la résistance présente chez nos animaux est importante à évaluer puisque des échanges de MRSA et potentiellement des résistances associées de l’animal vers l’homme, et inversement, ont été décrits. Cette année, la prévalence globale observée chez la volaille reste faible (3.8%, 4/106 échantillons, IC95% [0.1-7.4%]) et stable depuis 2011. Les 4 échantillons positifs pour MRSA ont été typés génétiquement comme appartenant au complexe clonal CC398, type génétique caractéristique des clones MRSA d’origine animale (LA-MRSA) ainsi qu’au spa-type t011, déjà rapporté chez la volaille en Belgique lors des surveillances précédentes (2011, 2014 et 2017) et connu dans la littérature pour être associé au complexe clonal CC398 ou aux LA-MRSA (Hetem et al.,2013, Köck et al., 2013, Vandendriessche et al, 2013, Sharma et al., 2016). Toutes les souches MRSA isolées en 2020 étaient résistantes à la céfoxitine et à la pénicilline, comme attendu, ainsi qu’à la tétracycline, ce qui est également caractéristique des LA-MRSA (Crombé et al., 2013). Un profil de résistance différent a été observé pour chacune des MRSA isolées, et 3 MRSA sur 4 étaient multirésistantes en 2020. Aucune souche n’était résistante à la vancomycine, au linézolide ou à la mupirocine.
La surveillance des Enterococcus faecalis et Enterococcus faecium, organisée en Belgique chez les animaux producteurs de denrées alimentaires entre 2011 et 2013, et reprise en 2019, a continué. Elle permet de faire un état des lieux de la prévalence de ces bactéries commensales indicatrices et de compléter l’image de la situation de la résistance aux antimicrobiens au sein de nos élevages, complémentairement à la surveillance des E. coli indicatrices. Les entérocoques sont en effet aussi considérés comme des réservoirs de gènes de résistances aux antibiotiques, présents à la fois chez l’homme et chez les animaux. En 2020, les prévalences des espèces d’entérocoques par catégorie animale étaient similaires à celles observées en 2019. En effet, Enterococcus faecium a été plus fréquemment isolée qu’E. faecalis au sein des échantillons de poules reproductrices (88.2%), poules pondeuses (79.2%), veaux (71.7%) et porcs (67.8%). A l’inverse, Enterococcus faecalis a été isolée plus fréquemment qu’E. faecium au sein des échantillons de dindes (88.1%) et de poulets de chair (66.1%). Les tests de susceptibilité antimicrobienne réalisés cette année ont montré que, dans l’ensemble, les pourcentages de résistance observés chez Enterococcus faecalis et Enterococcus faecium au sein des différentes matrices animales étudiées semblent stables depuis 2019. Les résistances à la tétracycline, à l’érythromycine et à la quinupristine/dalfopristine étaient les résistances les plus observées, à la fois chez E. faecalis et E. faecium, en taux variable selon la matrice animale. Malgré une diminution significative de la résistance à la tétracycline (-11.2%) observée chez E. faecium isolées de porcs depuis 2019, celle-ci restait extrêmement élevée à élevée en 2020, à la fois chez E. faecalis et E. faecium isolées de poulets de chair, dindes, poules reproductrices, veaux et porcs. La résistance au chloramphénicol était particulièrement élevée chez E. faecalis isolées de veaux (43.2%) et de porcs (23.7%), bien que significativement diminuée chez les veaux depuis 2019. Particulièrement observée chez les souches isolées de poulets de chair et de dindes (30.6% et 24.1% respectivement), la résistance à l’ampicilline n’a été observée qu’au sein des E. faecium en 2020 alors qu’également observée chez E. faecalis isolées de poulets de chair, veaux et poules reproductrices en 2019. La résistance à la daptomycine a significativement diminué depuis 2019 chez E. faecium isolées de poulets de chair, poules reproductrices, poules pondeuses et veaux mais des taux modérés de résistance ont été observés en 2020 chez E. faecium isolées de poulets de chair et de dindes. Des souches résistantes au linézolide ont également été observées en 2020, à savoir 7 E. faecalis isolées de veaux (n=5) et porcs (n=2) et 5 E. faecium isolées de poulets de chair (n=2), porcs (n =1) et veaux (n=2). Une souche E. faecalis isolée de veaux en 2020 était résistante à la vancomycine. En conclusion, au sein d’une même matrice animale, les résistances antimicrobiennes observées peuvent varier selon l’espèce bactérienne étudiée. Ainsi, les E. faecalis isolées de porcs et veaux avaient tendance à accumuler un plus grand nombre de résistances antimicrobiennes, tandis que les E. faecium isolées de poulets de chair et de dindes sont celles qui en accumulaient le plus. Les souches E. faecalis et E. faecium isolées de poules pondeuses étaient les souches présentant le moins de résistances. Enfin, la multirésistance (résistance à au moins 3 familles d’antimicrobiens), était principalement observée chez les poulets de chair (78.2% d’E. faecalis et 68.8% d’E. faecium), les dindes (66.9% d’E. faecalis et 51.0% d’E. faecium) et les veaux (78.2% d’E. faecalis).