Genotyping via whole genome sequencing

Beschrijving van de test

Omschrijving: 

• Extractie van genomische DNA van de zuivere stam, met behulp van magnetische beads
• ISO-geaccrediteerde sequencing (short-reads)
• Analyse met in-house bioinformatische tools

Resultaat: 

Volledige typering van de stam, incl. cgMLST profiel en antibiotica resistentiegenen. 

Doel van de test

Identificatie subspecies en/of cgMLST profiel

Criteria voor het uitvoeren van deze test in het kader van de referentie activiteiten

Fijntypering, of phylogenetische clustering van stammen in kader van uitbraakonderzoek.

Instructies voor monsters

• Type:  De aanvrager stuurt een geïsoleerde en opgezuiverde stam op in een tube transport medium. Anderzijds een cultuur in vloeibaar of vast medium of uitzonderlijk een DNA-extract van een staal.
• Minimale hoeveelheid:  Niet van toepassing

Instructies voor het transport

De stalen moeten verpakt zijn in een dubbele verpakking en worden bewaard bij kamertemperatuur. Het recipiënt moet hermetisch gesloten zijn. 

Onaanvaardbare aanvragen

Niet van toepassing. 

Turn around time (en de frequentie van analyse) 

• Doorlooptijd: 25 werkdagen
• Analysedagen: Elke weekdag (uitgezonderd: feestdagen, verlengde weekends en de periode tussen Kerstmis en Nieuwjaar)

Rapportering van de resultaten

This analysis is carried out as part of surveillance. If the applicant requires a report of this analysis, the NRC is best contacted by telephone or electronically . The analysis report will then be sent in the manner desired by the applicant.