Genotyping via whole genome sequencing

Description du test

Description

• Extraction de l’ADN génomique de la souche pure, à l’aide de billes magnétiques
• Séquençage accrédité ISO (short-reads)
• Analyse avec des outils bioinformatiques internes

Resultat: 

Typage complet de la souche, y compris profil cgMLST et gènes de résistance aux antibiotiques.

But du test

Identification des sous-espèces et/ou profil cgMLST.

Critères pour effectuer ce test dans le cadre des activités de référence

Typage fin ou regroupement phylogénétique des souches dans le contexte de la recherche sur les épidémies.

Instructions sur les échantillons

• Type: Le demandeur envoie une souche isolée et purifiée dans un tube de transport (moyen). D’autre part, une culture en milieu liquide ou solide ou, exceptionnellement, un extrait d’ADN d’un échantillon.
• Quantité minimale: Ne pas appliquer

Instructions sur le transport

Les échantillons doivent être emballés dans un double emballage et conservés à température ambiante. Le récipient doit être hermétiquement fermé.

Demandes non acceptées

Ne pas appliquer. 

Délai pour recevoir le résultat des tests (et fréquence d’analyse)

• Délai: 25 jours
• Jours d’analyse: Tous les jours de la semain (hors week-ends prolongés, jours fériés et la période entre Noël et le Nouvel An)

Rapporter les résultats

Cette analyse est effectuée dans le cadre de la surveillance. Si le demandeur souhaite obtenir un rapport d’analyse, il est préférable de contacter le CNR par téléphone ou par voie électronique. Le rapport d’analyse sera alors envoyé de la manière souhaitée par le demandeur.