Cytomegalovirus (CMV) génotypage

Objectif du test

Utilisation clinique

Détecter la résistance aux antiviraux chez les patients infectés par le cytomégalovirus (CMV).

Contexte clinique

Le CMV est un membre de la famille des Herpesviridae (sous-famille des beta-herpesvirinae) qui infecte environ 60 % de la population adulte dans les pays occidentaux. Après une primo-infection, le CMV reste indéfiniment latent et peut se réactiver lorsque le système immunitaire est affaibli. Les infections à CMV sont généralement asymptomatiques ou bénignes chez les personnes en bonne santé, mais elles sont plus graves chez les patients immunodéprimés, tels que les greffés, les séropositifs, les personnes recevant un traitement immunosuppresseur pour des maladies auto-immunes ou les patients subissant une radiothérapie et/ou une chimiothérapie. Chez ces patients, la primo-infection, la réinfection ou la réactivation du CMV peut être à l’origine d’une morbidité et d’une mortalité sévères.

L’infection à CMV peut généralement être prévenue ou traitée par des médicaments antiviraux. Les médicaments utilisés pour traiter les maladies à CMV comprennent six médicaments autorisés : Le ganciclovir (et son promédicament oral, le valganciclovir), le maribavir, le foscarnet, le cidofovir et letermovir. Ces médicaments inhibent la protéine kinase UL97 du virus (maribavir), l’ADN polymérase [(val)ganciclovir, cidofovir et foscarnet] ou la terminase (létermovir) par divers mécanismes. Au fil du temps, lorsque le CMV se réplique sous la pression des médicaments, les gènes viraux peuvent acquérir des mutations qui peuvent conférer une résistance à un ou plusieurs médicaments.  L’apparition de mutations spécifiques dans les gènes viraux peut rendre le(s) médicament(s) inefficace(s) et est associée à une morbidité accrue.

Critères pour la réalisation de ce test dans le cadre des activités de référence

Environ 5 à 12 % des transplantés recevant du ganciclovir développent une résistance au médicament, la prévalence étant plus élevée dans certaines populations de patients (c’est-à-dire les transplantés pulmonaires et intestinaux, les patients fortement immunosupprimés, les transplantés ayant un statut sérologique CMV positif chez le donneur, CMV négatif chez le receveur, les patients soumis à une exposition prolongée à des doses sous-thérapeutiques de médicaments anti-CMV).

Selon les lignes directrices du groupe de consensus international sur le CMV de la Transplantation Society, la résistance aux médicaments antiviraux doit être envisagée en cas d’infection à HCMV réfractaire chez les patients recevant des doses appropriées de traitement antiviral. L’infection à CMV est considérée comme réfractaire lorsque la charge virale du CMV ne diminue pas de >1 log10 ou que la maladie à CMV ne s’améliore pas, après ≥2 semaines de traitement antiviral à dose appropriée. Chez les patients soupçonnés d’être atteints d’une infection à CMV réfractaire ou résistante, la résistance aux antiviraux doit être recherchée par un test de résistance génotypique.

Le même échantillon de sang/plasma utilisé pour la quantification de la charge virale du CMV est généralement analysé pour le test de résistance aux médicaments contre le CMV. Pour comprendre la compartimentation et la dynamique virales, il est fortement recommandé d’étudier longitudinalement, en plus des échantillons de sang, les sites de la maladie à CMV (par exemple, organe greffé, maladie de l’organe terminal, liquide céphalo-rachidien, lavage broncho-alvéolaire) pour détecter les mutations de résistance.

Détails du test

Il s’agit de:

1. Résistance au (val)ganciclovir : mutations dans les gènes de la protéine kinase UL97 et de l’ADN polymérase UL54 du CMV.
2. Résistance au cidofovir : mutations dans le gène de l’ADN polymérase UL54 du CMV.
3. Résistance au foscarnet : mutations dans le gène de l’ADN polymérase UL54 du CMV.
4. Résistance au maribavir : mutations dans les gènes de la protéine kinase UL97 et UL27 du CMV.
5. Résistance au létrémovir : mutations dans les gènes UL51, UL56 et UL89 de la sous-unité terminase du CMV.

Description du test

• 1. Isolement de l’ADN de l’échantillon.
• 2. Amplification des gènes du CMV impliqués dans la résistance aux médicaments par PCR en fonction de la thérapie administrée au patient.

• 3. Séquençage direct des amplicons par séquençage didésoxy Sanger, qui a une limite de détection des sous-populations mutantes virales de 20 à 30 %).
• 4. Alignement des séquences (les séquences dérivées de l’échantillon du patient sont alignées sur les séquences de la souche de référence AD-169). 
• 5. Les mutations détectées sont comparées à une base de données de mutations connues associées à la résistance aux médicaments ou à des polymorphismes naturels (variabilité entre souches) afin de déterminer si la résistance clinique de l’infection à CMV est due à une résistance virale aux médicaments.

Interprétation des résultats 

Les résultats comprennent une liste des mutations détectées et leur association avec la résistance à chaque médicament spécifié, la variabilité inter-souches ou une signification imprévue (nouveaux changements). En fonction du génotype du CMV, des options thérapeutiques alternatives sont suggérées.
Un résultat de génotypage non disponible ou incomplet indique que tous les amplicons viraux n’ont pas pu être amplifiés et séquencés. Cela peut être dû à une charge virale insuffisante, à la qualité de l’échantillon (conditions de stockage et de transport, âge de l’échantillon) et/ou à la présence d’inhibiteurs de la réaction en chaîne de la polymérase. 

Limites des tests génotypiques de résistance aux médicaments contre le CMV

• Les résultats des tests ne permettent pas de détecter les mutations présentes dans 20 à 30 % de la population virale.
• Les tests sont plus fiables si la charge virale du CMV dans l’échantillon est d’au moins 3 log10 UI/ml (1 000 UI/ml). Les résultats obtenus avec des échantillons dont la charge virale est plus faible doivent être interprétés avec prudence et doivent être confirmés par un nouvel échantillon.
• Étant donné que des artefacts génotypiques peuvent se produire, en particulier dans les populations mutantes mixtes provenant d’échantillons à faible charge virale, il est conseillé de refaire le test sur un nouvel échantillon.

Instructions pour les échantillons et le transport

https://rega.kuleuven.be/regavir/shipping

Demandes inacceptables 

• Échantillon inapproprié ou insuffisant.
• Transport ou stockage inapproprié de l’échantillon.
• Formulaire de demande de test incomplètement rempli sans préciser le virus pour lequel la résistance aux médicaments doit être recherchée.

Délai d’exécution (et fréquence des analyses)

Fréquence des analyses: tous les jours ouvrables, pendant les heures de travail.

Délai de réponse: 3 à 7 jours ouvrables.

Communication des résultats des tests

Les résultats seront envoyés par courrier électronique selon les souhaits du laboratoire demandeur ou du médecin.