But du teste
Utilisation clinique
Détection de la résistance antivirale chez les patients infectés par le virus de la variole du singe (MPXV).
Contexte clinique
Le virus de la variole du singe (MPXV) appartient au genre Orthopoxvirus de la famille des Poxviridae, qui comprend de grands virus enveloppés à ADN double brin.
Le clade IIb du MPXV était responsable de l’épidémie mondiale de 2022, tandis que l’épidémie de 2024 a été associée aux souches du clade I du MPXV. La variole du singe (mpox) est généralement une maladie bénigne, mais les souches virales du clade I provoquent une forme plus sévère chez l’homme. De plus, la mpox peut être fatale chez les personnes immunodéprimées, avec une forme disséminée incluant des infections secondaires, une septicémie et une encéphalite.
Les patients présentant une forme bénigne de mpox ont généralement une maladie auto-limitée et ne nécessitent pas de traitement antiviral. Cependant, chez les patients atteints de formes sévères, le tecovirimat, le brincidofovir et, dans une moindre mesure, le cidofovir (des antiviraux développés contre le virus de la variole) peuvent être utilisés pour traiter les cas graves. Le tecovirimat est approuvé par l’Agence européenne des médicaments (EMA) pour le traitement de la variole, de la mpox et de la vaccine (trois infections causées par des virus du genre Orthopoxvirus), ainsi que pour les complications post-vaccinales de la variole.
Le tecovirimat inhibe la protéine d’enveloppe virale VP37, empêchant ainsi la maturation et la libération des virus enveloppés extracellulaires des cellules infectées. Le tecovirimat n’est pas largement utilisé pour le traitement de la mpox en raison de son faible seuil de résistance. Le brincidofovir, un analogue conjugué lipidique du cidofovir administré par voie orale, a été développé pour surmonter les inconvénients du cidofovir, tels que sa faible biodisponibilité orale et sa néphrotoxicité. Le brincidofovir est converti en cidofovir intracellulairement, qui, après deux phosphorylations par des enzymes cellulaires, inhibe la réplication de l’ADN viral en ciblant les polymérases d’ADN virales. Le cidofovir, initialement approuvé par la FDA pour le traitement de la rétinite à cytomégalovirus, peut être utilisé hors indication pour le traitement des infections causées par divers virus à ADN, y compris les poxvirus.
L’émergence de la résistance au tecovirimat est une préoccupation réelle en pratique clinique et nécessite une surveillance étroite. La résistance au tecovirimat est associée à des mutations du gène F13L et a été décrite chez des patients sévèrement immunodéprimés présentant une mpox disséminée et progressive malgré un traitement prolongé au tecovirimat (>14 jours). Le mécanisme d’action et de résistance du cidofovir et du brincidofovir est similaire et est in vitro associé à des mutations spécifiques des gènes de la polymérase d’ADN des poxvirus. Il n’existe donc aucune résistance croisée entre le (brin)cidofovir et le tecovirimat.
Critères pour la réalisation de ce test dans le cadre d’activités de référence
L’émergence de la résistance au tecovirimat lors d’une exposition prolongée chez les patients immunodéprimés doit être surveillée afin de proposer des options thérapeutiques alternatives. Étant donné que la compartimentation des mutants viraux du MPXV peut se produire, des échantillons provenant de différents sites corporels (tels que diverses lésions muqueuses-cutanées et le sang) doivent être analysés longitudinalement pour la résistance aux médicaments afin d’évaluer également la dynamique virale.
Détails du test – Génotypage du MPXV
Inclus :
- Résistance au tecovirimat : mutations du gène OPG057 du MPXV (protéine membranaire EEV palmitoylée) / homologue du gène F13L du virus de la vaccine.
- Résistance au (brin)cidofovir : mutations du gène de la polymérase d’ADN OPG071 du MPXV.
Description du test – Génotypage du MPXV
1. Isolement de l’ADN à partir de l’échantillon.
2. Amplification des gènes du MPXV impliqués dans la résistance aux médicaments par PCR en fonction du traitement administré au patient.
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MPXV gene |
MPXV encoded protein |
Drug target of |
Codons sequenced (partial or complete gene sequence) |
Drug(s) for which resistance is predicted |
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OPG057 (homologous to vaccinia virus F13L gene) |
Palmytilated EEV (extracellular enveloped virus) membrane protein |
Tecovirimat |
372 (complete sequence) |
Tecovirimat |
|
OPG071 |
DNA polymerase |
Cidofovir |
1006 (complete sequence) |
Cidofovir and brincidofovir |
3. Séquençage direct des amplicons par la méthode de Sanger (limite de détection de 20 à 30 % des sous-populations virales mutantes).
4. Alignement des séquences (les séquences dérivées de l’échantillon du patient sont comparées aux séquences de référence du MPXV).
5. Les mutations détectées sont comparées à une base de données de mutations connues associées à la résistance aux médicaments ou à des polymorphismes naturels (variabilité inter-souches) pour déterminer si la résistance clinique au MPXV est due à la résistance virale aux médicaments.
Interprétation des résultats génotypiques du MPXV
Les résultats comprennent une liste des mutations détectées et leur association avec la résistance à chaque médicament spécifique, la variabilité inter-souches ou une signification imprévisible (changements nouveaux). Sur la base du génotype du MPXV, des options thérapeutiques alternatives sont proposées.
Un résultat de génotypage indisponible ou incomplet indique que tous les amplicons viraux n’ont pas pu être amplifiés et séquencés. Cela peut être dû à une charge virale insuffisante, à la qualité de l’échantillon (conditions de stockage et de transport, âge de l’échantillon) et/ou à la présence d’inhibiteurs de la PCR.
Limitations des tests génotypiques pour la résistance aux médicaments du MPXV
- Les résultats des tests ne détectent pas les mutations présentes dans 20 à 30 % de la population virale.
- En raison des artefacts génotypiques possibles, en particulier dans les populations mutantes mixtes issues d’échantillons à faible charge virale, un nouveau test sur un nouvel échantillon est recommandé.
- Certaines variantes des gènes du MPXV ne sont pas encore caractérisées phénotypiquement. L’impact de ces nouveaux changements ne peut donc pas être prédit. La combinaison de tests génotypiques et phénotypiques est nécessaire pour déterminer si de nouveaux changements sont liés à la résistance aux médicaments ou à un polymorphisme naturel.
Délai d’exécution (et fréquence d’analyse)
Fréquence d’analyse: chaque jour ouvrable pendant les heures de bureau.
Temps de réponse: 3 à 5 jours ouvrables pour les tests génotypiques.
10 à 20 jours ouvrables pour les tests phénotypiques.
Rapport des résultats des tests
Les résultats sont envoyés par e-mail conformément aux souhaits du laboratoire demandeur ou du médecin traitant.
Instructions pour les échantillons et le transport
https://rega.kuleuven.be/regavir/shipping
Demandes inacceptables
- Échantillon insuffisant.
- Transport ou stockage inapproprié de l’échantillon.
- Formulaire de demande incomplet sans spécification du virus pour lequel un test de résistance est requis.
Délai d’exécution (et fréquence d’analyse)
Fréquence d’analyse: chaque jour ouvrable, pendant les heures de bureau.
Délai de réponse: 3 à 5 jours ouvrables pour les tests génotypiques.
10 à 20 jours ouvrables pour les tests phénotypiques.
Transmission des résultats
Les résultats seront envoyés par e-mail conformément aux souhaits du laboratoire demandeur ou du médecin traitant.