Genotypage par whole genome sequencing

Description du test

Description:

• Extraction de l’ADN génomique de la souche pure, à l’aide de billes magnétiques.
• Séquençage accrédité ISO (short-reads)
• Analyse avec des outils bioinformatiques internes

Résultat:

Caractérisation complète de la souche, y compris le profil cgMLST et les gènes de résistance aux antibiotiques. 

Objectif du test

Sous-espèce moléculaire et/ou profil cgMLST 

Critères pour la réalisation de ce test dans le cadre des activités de référence

Typage fin ou regroupement phylogénétique de souches dans le cadre d’enquêtes sur des épidémies.

Instructions pour les échantillons

• Type: le demandeur envoie une souche isolée et purifiée dans un milieu de transport en tube. Il peut également envoyer une culture en milieu liquide ou solide ou, exceptionnellement, un extrait d’ADN de l’échantillon. 
• Quantité minimal: sans objet.

Instructions pour le transport

Les échantillons doivent être emballés dans un double conteneur et conservés à température ambiante. Le récipient doit être hermétiquement fermé.

Applications inacceptables

Sans objet.

Délai d’exécution (et fréquence des analyses)

• Délai d’exécution : 25 jours ouvrables 
• Jours d’analyse : Tous les jours de la semaine (à l’exception des jours fériés, des week-ends prolongés et de la période entre Noël et le Nouvel An).

Communication des résultats de l’analyse

Cette analyse est effectuée dans le cadre de la surveillance. Si le demandeur souhaite obtenir un rapport de cette analyse, il est préférable de contacter le CNR par téléphone ou par voie électronique. Le rapport d’analyse sera alors envoyé de la manière souhaitée par le demandeur.