Description du test
La technique de ribotypage est basée sur l’existence chez les bactéries de plusieurs opérons de l’ARN ribosomial. Ceux-ci codent les gènes 16S-23S-5S. Les gènes 16S et 23S sont séparés par une région intergénique (non-codante) de taille variable. La technique du ribotypage consiste à amplifier par PCR ces régions intergéniques qui varient donc en nombre et en longueur. Les amorces choisies permettent une amplification depuis un segment du gène du 16S jusqu’à un autre du 23S. Les amplicons obtenus sont analysés par électrophorèse capillaire sur un séquençeur. Un travail constant d’harmonisation de la nomenclature est réalisé en collaboration avec différentes équipes européennes. Dans notre centre de référence, plus de six cents profils différents ont déjà été identifiés. Lorsque la nomenclature européenne (correspondance Brazier) est utilisée le ribotype est indiqué avec le préfixe « UE » tandis que les autres ribotypes ont le préfixe « UCL ».
But du test
Dans le contexte d’incidence croissante des infections à C. difficile (ICD) et de l’émergence de souches hypervirulentes, Sciensano en collaboration avec le CNR organise une surveillance nationale.
Les objectifs de la surveillance sont
- de suivre l’incidence des ICD au niveau des hôpitaux et au niveau national
- d’identifier les caractéristiques microbiologiques des souches isolées dans les hôpitaux belges et de surveiller l’émergence de souches hypervirulentes et/ou multi-résistantes.
De juillet 2007 jusqu’à décembre 2014, la participation était obligatoire pour un semestre (6 mois) par an (Arrêté Royal du 19 juin 2007) pour tous les hôpitaux généraux, hors les hôpitaux et services Spécialisés et Gériatriques isolés de moins de 150 lits, les hôpitaux et services Spécialisés soins palliatifs et les unités de traitement de grands brûlés. La première version du protocole est parue en juillet 2006. Depuis 2015, la participation spécifique à ce protocole n’est plus obligatoire.
Critères pour effectuer ce test dans le cadre des activités de référence
Les souches isolées de 5 (maximum) patients consécutifs, recueillies pendant la période de surveillance, seront envoyées au laboratoire de référence, accompagnées d’un print-out de l’encodage du cas (formulaire d’enregistrement) dans le système de surveillance épidémiologique (ceci afin de disposer du code unique pour le laboratoire de référence attribué automatiquement lors de l’encodage). Il n’est pas nécessaire que l’enregistrement du cas soit complet (par exemple, on peut demander le typage avant de connaitre l’évolution du patient), mais le formulaire doit comprendre obligatoirement le code laboratoire, le code patient unique, le code automatique et le numéro NISS.
Instructions pour les échantillons
La souche doit être en culture pure. Elle doit être fraîchement ensemencée sur un milieu approprié. Milieux recommandés : gélose profonde, boîte au sang sous sachet de type Anaerogen Compact (Oxoid), Anaerocult p (Merck) ou système similaire, milieux préréduits, thioglycolate ou tubes genre « port a cul ». Bien qu’il soit recommandé d’envoyer des cultures, le CNR accepte également l’envoi d’échantillons de selles.
Instructions pour le transport
- Le transport se fait de préférence dans des conditions d’anaérobiose. Transport à température ambiante si l’échantillon arrive au labo dans les 6 heures qui suivent le prélèvement ou réfrigéré dans un délai inférieur à 72 heures (dépassé ce délai, les selles peuvent être congelées à -20°C). Veiller à bien fermer les tubes pour éviter les “fuites”; à cette fin vous pouvez envelopper le tube bouché dans du parafilm.
- L’échantillon est emballé avec un matériel absorbant dans un étui de« transportblister ». Cet emballage secondaire peut également être un sac plastique à fermeture à glissière. Le tout est ensuite placé dans une enveloppe ou une boîte.
- Les directives actuelles demandent que l’emballage extérieur porte le sigle suivant: UN3373 Biological Substance category B.
- Aucun matériel de prélèvement n’est prévu par le CNR.
Demandes non acceptées
- Échantillon abîmé ou ayant coulé dans l’emballage.
- Les échantillons pour lesquels il manque des informations.
Délai pour recevoir le résultat d’analyse (et fréquence d’analyse)
Maximum 42 jours, l’analyse est réalisée toutes les 3 à 4 semaines dans le cadre de la surveillance. En cas de demande hors surveillance, merci de contacter le laboratoire avant l’envoi des souches.
Communication des résultats des tests
- Par courrier.
- Si explicitement demandé sur le formulaire de demande, par fax ou E-mail.