Description du test
Les isolats sont identifiés par spectrométrie de masse MALDI-TOF (MALDI-TOF MS). Toutes les espèces de Legionella ne sont pas identifiées par ce système, puisque la base de données de Bruker avec les spectres de référence est encore incomplète. Si l’identification n’est pas possible avec le MALDI-TOF MS, un séquençage des gènes mip seront utilisés pour l’identification.
Pour le sérotypage et la confirmation des isolats cliniques et environnementaux, nous utilisons des tests d’agglutination au latex. Ce test d’agglutination au latex permet l’identification distincte des L.. pneumophila sérogroupe 1, sérogroupes 2-15 et les espèces de Legionella communément isolées.
Le sous-typage du sérogroupe 1 et le typage des sérogroupes 2-15 par IFA à l’aide d’anticorps monoclonaux sont réalisés pour la différentiation des souches particulièrement au cas où le nombre de souches à tester est assez élevé. Ce typage est donc effectué dans un premier temps dans le but de réduire le nombre de souches à tester par séquençage génétique dont le coût est beaucoup plus élevé.
Le typage par Sequence based typing (SBT)est effectué sur les isolats cliniques de Legionella pneumophila sérogroupe 1 mais est également possible pour les autres sérotypes. Le SBT est aussi réalisé directement sur échantillons respiratoires au cas où ces échantillons sont positifs pour Legionella par PCR mais négatifs par culture. Le typage directement sur échantillon est cependant moins sensible que sur isolat et ne permet pas toujours d’obtenir un profil allélique complet.
Pour les types SBT (Sequence Based Typing) les plus fréquents, le Whole genome sequencing (cgMLST ou wgMLST) peuvent être utilisés pour la différenciation des souches.
But du test
Confirmation ou diagnostic et enquête épidémiologique
Critères pour effectuer ce test dans le cadre de l’activité de référence
- Tous les isolats humains sont acceptés. Nous demandons les souches (ou les échantillons respiratoires quand les isolats ne sont pas disponibles) pour l’enquête épidémiologique.
- Souches environnementales isolées dans le cadre d’une enquête épidémiologique. En dehors des enquêtes épidémiologiques, autour d’un ou plusiers cas, le test ne sera pas effectué.
Instructions sur l’échantillon
- Cultures pures sur milieu BCYE (Buffered Charcoal Yeast-Extract)
- Conditions de stockage : 2-5°C
Instructions sur le transport
- Conditions de transport : température ambiante (< 1 jour)
- Le milieu spécial de transport des Legionella peut être fourni sur demande par le CNR.
Demande inacceptable
/
Délai pour recevoir le résultat d’analyse (la fréquence d’analyse)
Les tests ne sont pas effectués durant le week-end.
L’identification et le sérotypage : TAT médian : 1 semaine. Maximum : 14 jours.
Typage SBT : 15 jours ouvrables (en cas d’épidémie ou si la comparaison avec les souches environnementales est possible)
Communication des résultats des tests
- Par courriel sécurisé et par courrier : en cas de résultat positif
- Par courrier : en cas de résultat négatif