Polyomavirus typage et génotypage

But du test

Utilisation clinique
Détecter la résistance antivirale chez les patients atteints d’une infection au polyomavirus BK (BKPyV).

Contexte clinique
Les polyomavirus humains (HPyV) comprennent un groupe de 14 espèces qui provoquent généralement des infections asymptomatiques chez les personnes en bonne santé et persistent sous une forme latente et asymptomatique. Cependant, chez les personnes immunodéprimées, les HPyV peuvent entraîner diverses maladies graves, telles que le cancer (polyomavirus des cellules de Merkel, MCPyV), des maladies rénales (polyomavirus BK, BKPyV) et des infections cérébrales mortelles (polyomavirus JC, JCPyV).

L’infection par le BKPyV est particulièrement préoccupante chez les receveurs de greffes de rein ou de cellules souches hématopoïétiques (HSCT), car elle peut entraîner une néphropathie associée au polyomavirus (PVAN), pouvant conduire à la perte du greffon rénal, ou une cystite hémorragique (CH) respectivement. En l’absence de traitements antiviraux spécifiques contre le BKPyV, la réduction de l’immunosuppression reste la principale approche pour traiter la PVAN, malgré le risque de rejet de l’allogreffe.

Le cidofovir, un antiviral à large spectre contre les virus à ADN, ainsi que les fluoroquinolones, le léflunomide et les immunoglobulines intraveineuses, ont été considérés comme des thérapies adjuvantes pour la PVAN, bien que leur efficacité clinique contre le BKPyV ne soit pas complètement établie. Tous les patients ne répondent pas de manière uniforme au traitement par le cidofovir, certains continuant à présenter des signes d’infection au BKPyV après la thérapie. Des approches pharmacologiques similaires sont utilisées pour gérer la cystite hémorragique, bien que la réduction de l’immunosuppression chez les patients HSCT augmente le risque de rejet aigu et aggrave la maladie du greffon contre l’hôte (GvHD).

Critères pour réaliser ce test dans le cadre des activités de référence

Des études in vitro ont montré que la résistance au cidofovir dans le polyomavirus SV40 (chez les primates non humains) est associée à des mutations de l’antigène T large (LTag). Par analogie, l’échec du traitement par le cidofovir chez les patients atteints de la maladie à BKPyV pourrait être lié à l’acquisition de mutations dans le génome du BKPyV. Les patients ne répondant pas au traitement par le cidofovir pour la maladie à BKPyV devraient être surveillés pour détecter l’apparition d’une résistance aux médicaments.

Détails du test – Détection et typage du PyV / Génotypage du BKPyV

Comprend :

1. Détection du JCPyV et du BKPyV.
2. Typage du BKPyV.
3. Résistance au cidofovir : mutations dans le gène LTag.

Description du test – Détection et typage du PyV / Génotypage du BKPyV

1. Isolation de l’ADN à partir de l’échantillon.
2. Amplification du génome entier pour le JCPyV et le BKPyV.
3. Séquençage direct du gène VP1 par la méthode de Sanger, avec une limite de détection de 20 à 30 % des sous-populations de mutants viraux.
4. Alignement des séquences : les séquences obtenues à partir de l’isolat du patient sont alignées avec la séquence de la souche de référence Dunlop du BKPyV.
5. Typage du BKPyV : conformément à l’article de Morel et al., 2017 (PMID : 28151406).
6. Identification du type BKPyV : la séquence VP1 (protéine majeure de la capside) du patient est comparée aux souches BKPyV du même sous-groupe pour identifier la séquence VP1 la plus similaire.
7. Séquençage direct du gène LTag par la méthode de Sanger, avec une limite de détection de 20 à 30 % des sous-populations de mutants viraux.
8. Analyse du LTag : les séquences du LTag des échantillons les plus proches sont utilisées comme référence pour identifier les mutations potentiellement associées à la résistance au cidofovir.

Interprétation des résultats – Typage / Génotypage du BKPyV

• Les résultats comprennent une liste des mutations détectées dans le gène VP1 (séquence complète, 362 acides aminés) permettant le typage du BKPyV.
• Une liste des mutations dans le gène LTag (séquence complète, 695 acides aminés) potentiellement associées à la résistance au cidofovir.

Un résultat de génotypage incomplet ou indisponible indique que tous les amplicons viraux n’ont pas pu être amplifiés et séquencés. Cela peut être dû à une charge virale insuffisante, à la qualité de l’échantillon (conditions de stockage et de transport, ancienneté de l’échantillon) et/ou à la présence d’inhibiteurs de la réaction en chaîne par polymérase (PCR).

Limites des tests de génotypage pour la résistance aux médicaments du BKPyV

• Les résultats ne détectent pas les mutations présentes dans 20 à 30 % de la population virale.
• Les tests sont plus fiables si la charge virale dans l’échantillon est d’au moins 3 log10 UI/ml (1 000 UI/ml). Les résultats des échantillons avec une charge virale plus faible doivent être interprétés avec prudence et confirmés par un nouvel échantillon.
• Des artefacts génotypiques peuvent survenir, en particulier dans les populations mixtes de mutants provenant d’échantillons à faible charge virale. Il est recommandé de refaire le test sur un nouvel échantillon.

Instructions pour les échantillons et le transport

https://rega.kuleuven.be/regavir/shipping

Demandes inacceptables

Échantillon inapproprié ou insuffisant.

Transport ou stockage incorrect de l’échantillon.

Formulaire de demande de test non entièrement rempli, sans indication du virus pour lequel la résistance aux médicaments doit être étudiée.

Délai de traitement (et fréquence de l’analyse)

Fréquence des analyses: chaque jour ouvrable, pendant les heures de travail.

Délai de réponse: 3 à 7 jours ouvrables.

Rapport des résultats du test

Les résultats seront envoyés par e-mail selon les préférences du laboratoire ou du médecin demandeur.