Description du test
Identification (première étape)
Après culture sur agar, une analyse en spectrométrie de masse MALDI-TOF est effectuée. Le résultat de cette première analyse est immédiatement rapporté. En fonction de la nature du micro-organisme, celle-ci pourra aller jusqu’au niveau du genre, d’un complexe ou de l’espèce (par exemple les Achromobacter spp. sont rapportés au niveau du genre, tandis que Stenotrophomonas maltophilia est rapporté au niveau de l’espèce) ; les membres du complexe de Burkholderia cepacia, à l’exception de B. multivorans, ne peuvent pas être différentiés de manière fiable et sont rapportés comme complexe.
Randomly amplified polymorphic DNA typing (RAPD)
Les souches sont typées par la technique de RAPD pour évaluer rapidement si une similarité existe par rapport à des isolats précédents de la même espèce provenant du même patient.
Tests de sensibilité aux antibiotiques
La sensibilité de l’isolat aux antibiotiques utiles est déterminée en microdilution pour les antibiotiques suivants: pipéracilline, pipéracilline/tazobactam, aztréonam, ceftazidime, ceftazidime/avibactam, meropénème, ciprofloxacine, tobramycine, amikacine, trimethoprim/sulfamethoxazole, colistine, tigécycline et temocilline.
Etant donné que l’EUCAST ne donne pas de concetrations critiques pour le groupe du Burkholderia cepacia, celles du tableau PK/PD ou des Pseudomonas spp. (aminoglycosides et colistine) sont utilisés pour rendre une interprétation sous réserve.
Les antibiotiques qui présentent une résistance naturelle sont toujours rapportés résistants (exemples: pipéracilline, pipéracilline/tazobactam, ceftazidime, meropénème, tobramycine et amikacine pour S. maltophilia et colistine pour B. gladioli) .
But du test
Le but de cet ensemble de tests est d’obtenir rapidement une identification préliminaire du complexe Burkholderia cepacia. Les tests de sensibilité aux antibiotiques doivent être une aide pour le choix de l’antibiothérapie. Il faut mentionner que peu de directives existent pour l’interprétation clinique de la sensibilité de ces bactéries et que les résultats doivent être interprétés prudemment.
Critères pour effectuer ce test dans le cadre des activités de référence
- Patients atteints de mucoviscidose: on propose aux laboratoires de référer au CNR par patients deux isolats respiratoires par année et par espèce bactérienne.
- Autres patients: seulement avec une motivation bien documentée (épidémie, présentation clinique particulière,..).
Prélèvement des échantillons
Specimens
Isolats bactériens provenant des cultures effectuées sur les sécrétions respiratoires d’un patient atteint de mucoviscidose ou de spécimens pertinents d’autres patients.
Conservation
Pas d’application
Transport
Les isolats sont transportés vers le CNR sans réfrigération. Le matériel n’est pas fourni par le CNR et le laboratoire référant utilise le sien (tubes avec un milieu nutritif ou boites de Pétri) pour un transport selon la norme UN3373.
Demandes non acceptables
Indications
- Isolats sans pertinence clinique
- Isolats de Pseudomonas aeruginosa ou Acinetobacter spp.
- Isolats provenant de l’environnement (à moins d’une convention particulière pour des circonstances exceptionnelles comme dans l’étude d’une épidémie).
- Isolats non accompagnés d’un formulaire rempli.
- Maximum deux isolats par espèce et par patient au cours de la même année civile sont acceptés.
Prélèvement des échantillons
Le CNR n’accepte pas d’échantillons cliniques primaires.
Turnaround time.
- Identification Préliminaire: 2 jours ouvrables. Une première analyse MALDI-TOF MS est généralement possible après une nuit d’incubation. Le résultat est alors rapporté le jour suivant la réception de la souche.
- Sensibilité aux antibiotiques: 5 jours
- RAPD: 14 jours
Transmission des résultats
- Par la poste
- Par Medibridge pour les laboratoires et prescripteurs qui sont inscrits à l’UZ Brussel