EFSA-FEED 2021 - Analyse de la séquence du génome entier (WGS) des micro-organismes ajoutés intentionnellement aux denrées alimentaires et aux aliments pour animaux

Last updated on 6-3-2023 by Lieke Vervoort
Durée du projet :
avril 11, 2022
-
juin 11, 2023

En bref

L’Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) est responsable de l’évaluation des dossiers d’enregistrement déposés par les fabricants commerciaux en vue de l’utilisation de micro-organismes (génétiquement modifiés) dans les denrées alimentaires et les aliments pour animaux. Le séquençage du génome entier (WGS), à savoir la lecture du contenu du matériel génétique présent dans un échantillon, permet de réaliser une évaluation approfondie des risques que représentent ces micro-organismes afin de garantir la sécurité des consommateurs européens. Dans ce projet de service, l’EFSA fait appel à notre expertise dans ce domaine pour analyser des données pour des dossiers spécifiques et participer aux efforts de développement de logiciels bioinformatiques pour l’analyse de routine des données WGS.
 

Description du projet

Les micro-organismes, qu’ils soient génétiquement modifiés ou non, peuvent être utilisés dans la chaîne alimentaire comme agents actifs ou comme souches de production de substances d’intérêt. En Europe, ces micro-organismes ou substances/produits dérivés sont soumis à un processus d’autorisation préalable à la mise sur le marché qui définit la nécessité d’effectuer une évaluation des risques. Dans le cadre de ce processus, les entreprises qui souhaitent mettre leurs produits sur le marché de l’UE doivent soumettre un dossier technique contenant des informations sur ces produits à l’Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA). Récemment, l’EFSA a introduit l’utilisation du séquençage du génome entier (WGS) et l’analyse des données basées sur le WGS pour l’identification, la caractérisation et l’évaluation de la sécurité des micro-organismes. Actuellement, l’EFSA a lancé un appel d’offres visant à développer et à mettre en œuvre des pipelines standardisés pour l’analyse des données WGS de ces dossiers techniques. Le premier objectif du projet consiste à aider à l’analyse des données WGS pour un certain nombre d’applications pour les produits réglementés traitant des micro-organismes, plus spécifiquement en effectuant le contrôle de qualité des données, l’identification taxonomique de l’organisme, et la détection de la présence de gènes préoccupants. Le deuxième objectif est d’effectuer des tests, de déboguer et de fournir des conseils sur la création de trois pipelines pour l’analyse basée sur le WGS des bactéries, des levures/champignons filamenteux et des virus.

Les services qui travaillent sur ce projet

Partenaires

Elisa Pettenati
Giovanni Iacono

Sujets santé associés

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