En bref
Depuis 2018, les organismes produits par des techniques d’édition génomique sont considérés par la législation européenne comme des organismes génétiquement modifiés (OGM). Par conséquent, en tant qu’OGM classiques, leur commercialisation nécessite des méthodes de détection spécifiques pour garantir la sécurité et la traçabilité des chaînes alimentaires animale et humaine. Toutefois, un tel contrôle peut se révéler difficile, car les organismes ayant fait l’objet d’une édition génomique peuvent différer d’un ou de quelques points de variation du génome, d’où la difficulté à les distinguer d’une variation naturelle. Dans le cadre de ce projet, différentes approches de détection des organismes ayant été soumis à une édition génomique seront étudiées, afin de renforcer le contrôle actuel des OGM et de fournir une opinion éclairée aux décideurs et aux autorités de contrôle.
Description du projet
Depuis 2018, les organismes produits par de nouvelles techniques d’amélioration génétique (NBT – new breeding techniques) comme l’édition génomique sont considérés comme des organismes génétiquement modifiés (OGM) par la législation européenne. L’introduction d’OGM et l’utilisation de leurs produits dérivés dans la chaîne alimentaire sont strictement réglementées en Europe et des méthodes de détection sont nécessaires. Cela constitue un véritable défi, car les organismes modifiés peuvent différer d’un ou de quelques nucléotides, si bien que les distinguer d’une variation naturelle pourrait s’avérer difficile. Les approches théoriques ont déjà été discutées dans certains documents, mais aucune évaluation réelle n’a été effectuée. Ce projet propose d’abord un état des lieux de la situation. Pour ce faire, une base de données répertoriant les organismes modifiés et les gènes concernés par les modifications est construite.
L’utilisation des gènes comme marqueurs potentiels est évaluée en tenant compte de la diversité génétique des séquences. Les échantillons utilisés dans le projet sont de 3 types :
- échantillons obtenus par le biais de contacts avec d’autres institutions
- modèles créés en interne
- échantillons traités qui imiteront les échantillons commerciaux.
Différentes méthodes ADN sont testées pour la détection de modifications évaluables. Un premier ensemble de méthodes a été sélectionné car elles peuvent être facilement mises en œuvre dans les laboratoires de contrôle : PCR RFLP, PCR en temps réel, HRM, PCR numérique et pyroséquençage analytique. Les autres approches ADN sont basées sur le séquençage haut débit (HTS – High Throughput Sequencing) utilisant différentes méthodes d’enrichissement comme le séquençage des amplicons ou l’utilisation de sondes de capture. Ces méthodes HTS peuvent potentiellement tester de nombreux gènes au cours de la même expérience. Les méthodes ADN sont comparées pour évaluer leurs aspects pratiques, avantages et limites. Enfin, l’applicabilité des approches basées sur les protéines et les métabolites sont évaluées en fonction d’une approche de criblage. Toutes ces méthodes devraient donner une vision claire des possibilités de détecter les organismes modifiés par NBT et fournir un avis éclairé aux décideurs et aux autorités de contrôle.
Chercheurs de projet de Sciensano
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