SalmiPIG - Formation de biofilms de Salmonella chez les porcs porteurs chroniques : impact sur la colonisation intestinale et la tolérance aux antibiotiques; diagnostics fonctionnels; potentiel en tant que cible pour des traitements non antibiotiques

En raison des niveaux élevés de résistance aux antibiotiques, les stratégies actuelles d’endiguement de Salmonella dans les élevages porcins sont largement fondées sur des mesures de biosécurité, des adaptations de la forme et de la teneur des aliments pour animaux et l’acidification de l’eau potable.  Comme les mesures actuelles ne suffisent pas, des thérapies anti-salmonelles non antibiotiques innovantes sont urgemment nécessaires, ainsi que des outils de diagnostic rapides et bon marché pour surveiller les infections dans les exploitations agricoles. La formation de biofilms par Salmonella dans la couche muqueuse intestinale serait, selon les attentes, un facteur important, contribuant à la fois à l’état de porteur chronique de Salmonella dans l’intestin des porcs adultes et à l’inefficacité des mesures actuelles. 

Le but de ce projet est d’élargir les connaissances sur le rôle du biofilm de Salmonella dans les élevages porcins, à 2 niveaux.

1. étudier la formation de biofilms de Salmonella en tant que contributeur important de sa colonisation chronique dans l’intestin du porc en déterminant la contribution de la formation de biofilms à l’attache épithéliale, sa capacité de concurrencer le microbiote intestinal et, enfin, sa protection contre l’acidification de l’eau potable et la réponse immunitaire ;
2. identifier des marqueurs génétiques de la capacité de formation de biofilms, en élargissant ainsi les connaissances du rôle du biofilm de Salmonella dans les élevages porcins, connaissances qui pourront être incluses dans les futurs outils de diagnostic fonctionnel si un programme officiel de surveillance de Salmonella en exploitation agricole devait être réinstauré, en se concentrant ainsi sur une caractéristique fonctionnelle phénotypique d’une souche infectante, à savoir sa capacité de formation de biofilms. 

Nous définissons les sous-questions spécifiques suivantes :

• Dans quelle mesure la formation de biofilms contribue-t-elle à la colonisation de l’intestin des porcs et à la tolérance à l’acidification de l’eau potable ?
• Quel est le mécanisme par lequel la formation de biofilms influence la colonisation ? Quelle est la contribution relative de : 
  • l’attache épithéliale accrue
  • la capacité accrue à concurrencer le microbiote intestinal
  • la protection contre la réponse immunitaire ?
• Pouvons-nous identifier des marqueurs génétiques de la capacité de formation de biofilms, en fonction du séquençage du génome entier et de l’analyse de variants ?

À plus court terme, le but est de permettre aux agriculteurs de mieux estimer le risque et d’optimiser la gestion de la biosécurité et les mesures anti-salmonelles à la ferme. À plus long terme, cela ouvrira la voie à la mise en œuvre de stratégies anti-biofilms empêchant la colonisation intestinale de Salmonella par elles-mêmes ou augmentant l’efficacité de mesures complémentaires anti-Salmonella telles que l’acidification de l’eau potable, l’adaptation des aliments pour animaux ou le traitement par antibiotiques en cas d’infections symptomatiques.