En bref
Depuis 1980, Sciensano abrite la collection de souches fongiques BCCM/IHEM, membre du Consortium BCCM. Ce dernier recueille, conserve et distribue des milliers de micro-organismes vivants. Il s’agit d’une activité essentielle de soutien de la science, de la recherche et des applications en microbiologie. Les récentes avancées technologiques ont grandement facilité le séquençage du génome entier des souches microbiennes. Il s’agit d’une source d’informations nouvelles qui ouvre des domaines passionnants de recherche appliquée et fondamentale. Toutefois, le traitement des big data génomiques requiert également des compétences spécifiques. Pour répondre à ce défi, le projet BCCM GEN-ERA visait à mettre en place une expertise en génomique au sein des collections BCCM.
Description du projet
Le Belgian Coordinated Collections of Microorganisms (BCCM) est un centre de ressources biologiques (CRB) qui préserve et fournit des ressources microbiennes et génétiques pour soutenir les sciences de la vie et le secteur de la biotechnologie, dans le domaine de la recherche fondamentale et appliquée.
L’étude, la valorisation et la documentation du patrimoine microbien de BCCM doivent rester en phase avec les développements actuels des technologies modernes. Aujourd’hui, la recherche microbienne est grandement facilitée par de nouvelles approches en génomique notamment le séquençage du génome entier. Ce dernier fournit l’ensemble des informations génétiques d’un organisme et est de plus en plus demandé dans de nombreuses disciplines. L’acquisition d’un savoir-faire en génomique est donc cruciale pour que BCCM reste un CRB majeur, pour les futures collaborations nationales et internationales, et pour répondre aux questions de recherche à venir.
Le premier objectif du projet BCCM GEN-ERA était de mettre en œuvre une expertise en génomique dans les collections BCCM pour lesquelles le véritable défi était la manipulation et l’analyse des big data génomiques. Cela a nécessité l’installation de structures bioinformatiques et de logiciels spécifiques, ainsi que la formation des scientifiques de BCCM afin d’assurer une mise en œuvre à long terme. L’accent a été mis principalement sur le séquençage du génome entier, car la détermination de l’ensemble du répertoire génétique des micro-organismes soutient l’expertise de pointe des collections dans le domaine de la taxonomie et de la phylogénie, tout en permettant de potentielles analyses fonctionnelles. En outre, il est nécessaire de proposer des souches dont le génome entier est séquencé pour répondre aux besoins des utilisateurs des CRB, et cela constitue donc une valeur ajoutée pour la visibilité et l’attractivité du BCCM.
Le projet BCCM GEN-ERA visait également à répondre à des questions de recherche spécifiques portant sur la diversité microbienne des collections BCCM (notamment bactéries, mycobactéries, cyanobactéries, levures et moisissures) et plus spécifiquement sur les micro-organismes sélectionnés ayant un impact sociétal (entre autres, associés aux insectes pollinisateurs, causant des pathologies ou produisant des composés bioactifs).
Résultats
Les objectifs ont été atteints en développant une infrastructure Nextflow qui couvre les besoins communs en génomique pour la taxonomie microbienne et la modélisation métabolique de collections microbiennes comme celles de BCCM, d’une manière FAIR. Elle peut être utilisée sur les procaryotes et les petits eucaryotes de manière totalement reproductible. Cette « boîte à outils GEN-ERA » a été mise à disposition gratuitement dans un répertoire GitHub qui comprend également une importante documentation pour les utilisateurs.
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