Antibiotiques et résistance

Une résistance aux antimicrobiens se développe lorsque des micro-organismes (comme des bactéries) évoluent après une exposition à des médicaments antimicrobiens (comme des antibiotiques). Les micro-organismes qui développent une résistance aux antimicrobiens sont parfois appelés « superbactéries ». En conséquence, les médicaments deviennent inefficaces et l’infection persiste dans l’organisme, ce qui augmente le risque de propagation. La résistance aux antimicrobiens augmente le coût des soins de santé en raison d’un prolongement des hospitalisations et d’une multiplication des soins intensifs.

Pour le traitement de l’ensemble des pathologies, les autorités sanitaires recommandent une ou deux classes d’antibiotiques. Il est important que nous surveillions étroitement la résistance afin de les avertir de l’éventuelle occurrence de nouveaux mécanismes de résistance et de les informer sur les antibiotiques qui restent efficaces. Notre équipe se concentre sur les isolats de Salmonella, Shigella, Listeria, Neisseria meningitidis et Mycobacteria. Nous dépistons des résistances à un grand nombre d’antibiotiques repris dans le tableau ci-dessous et comparons les résultats à d’autres études de surveillance nationales et internationales. Nous procédons à toutes les analyses conformément aux normes de qualité ISO 15189.

Aperçu des antibiotiques testés, classés par organisme

 ^a Les antibiotiques en italique sont des médicaments de deuxième intention et ne sont testés qu’en cas de résistance à la rifampicine. TMP-SMX, triméthoprime-sulphaméthoxazole ; PAS, acide para-aminosalicylique.

Une grande partie de notre travail est consacré à l’étude des mécanismes utilisés par les bactéries pour développer une résistance aux médicaments, ce qui s’avère important pour l’évaluation des risques. En effet, les mécanismes de résistance peuvent parfois être transmis d’une bactérie à l’autre en cas de contact étroit entre elles. 

Dans notre laboratoire, nous appliquons quatre mécanismes principaux pour déceler la cause génétique de la résistance :

1. séquençage de l’ADN, à l’aide d’une analyse Sanger classique de fragments de PCR, ou séquençage de nouvelle génération de génomes bactériens entiers.
2. Génotypage multiplexe ciblé. Nous utilisons des essais développés en interne qui dépistent spécifiquement jusqu’à 50 causes possibles de résistance dans un seul puits à l’aide de billes fluorescentes.
3. Essais d’hybridation inverse de sondes moléculaires en ligne, qui sont des tests commerciaux recourant à des méthodes d’hybridation PCR/inverse pour la détection rapide de mutations associées à la résistance aux médicaments de M. tuberculosis.
4. Les tests Beacon détectent M. tuberculosis et la résistance à la rifampicine associée directement à partir d’échantillons d’expectorations à l’aide d’une PCR ultrasensible. Le test GeneXpert TB est un système automatisé basé sur le temps réel qui présente de nombreux avantages, y compris le fait qu’il s’agit d’un système fermé.