En bref
Afin de suivre l’apparition et la propagation de la résistance aux antimicrobiens, les scientifiques s’appuient de plus en plus sur des tests génétiques. Dans le cadre de ce projet européen réunissant 17 partenaires, nous introduirons la dernière technologie de séquençage de l’ADN dans la surveillance de la résistance aux antimicrobiens (RAM). Cette technologie permet d’identifier complètement les porteurs de gènes de résistance, les plasmides, permettant de suivre leur propagation dans les rangs des patients, des animaux et dans l’environnement.
Description du projet
Les systèmes européens actuels de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (RAM) ne parviennent pas à distinguer la transmission clonale de la transmission horizontale des gènes RAM. Bien que l’accent soit mis de plus en plus sur la surveillance génomique, les éléments génétiques mobiles (EGM) restent difficiles à reconstituer en raison de leur nature chimérique, modulaire et répétitive. Ces EGM codent souvent la résistance à des antibiotiques essentiels et peuvent se propager au sein des espèces et des genres ou entre ceux-ci, ce qui en fait un élément central de toute étude sur la transmission de la RAM.
Séquençage en temps réel par SMRT
Le consortium FULL_FORCE introduit largement le séquençage en temps réel d’une seule molécule (SMRT) dans les instituts vétérinaires et de santé publique de l’UE. Cette technologie permet un séquençage en temps réel à longues lectures, fournissant des informations supplémentaires sur l’endroit où une lecture doit être placée dans le génome. Sur la base des résultats du réseau SOLIDNESS (Surveillance Of mobiLome meDiated aNtibiotic rEsiStance Spread) de la JPIAMR (Initiative de programmation conjointe européenne sur la résistance aux antimicrobiens), nous harmonisons, construisons et testons la capacité de séquençage SMRT de chaque institut partenaire. Nous appliquons ces connaissances à 6 études de cas qui bénéficieront dans une très large mesure du séquençage des EGM, en ce compris les échantillons isolés dans le cadre des programmes nationaux de surveillance EFFORT et ARDIG. Ces études seront suivies d’une analyse détaillée des EGM les plus importants, et par l’application de ces connaissances aux efforts de modélisation de la dynamique de la RAM dans les systèmes de production fermés.
FULL_FORCE propose à 17 partenaires européens une boîte à outils technologique et une formation pratique au séquençage SMRT. Il s’agit d’une étape primordiale pour l’intégration efficace du typage d’EGM dans la surveillance de la RAM « One Health », tout en fournissant un aperçu sans précédent des EGM dominants qui sont à l’origine de la résistance des entérobactéries commensales et pathogènes en Europe.
Chercheurs de projet de Sciensano
Les services qui travaillent sur ce projet
Partenaires
