In het kort
Om het ontstaan en de verspreiding van antimicrobiële resistentie te volgen, doen wetenschappers steeds vaker een beroep op genetische testen. In dit Europese project, waaraan 17 partners deelnemen, zullen we de nieuwste DNA-sequencingtechnologie in de surveillance van antimicrobiële resistentie (AMR) introduceren. Met deze technologie kunnen de dragers van resistentiegenen, plasmiden, volledig worden geïdentificeerd zodat hun verspreiding bij patiënten, dieren en in het milieu kan worden gevolgd.
Projectbeschrijving
De huidige Europese monitoringsystemen voor antimicrobiële resistentie (AMR) schieten tekort in de analyse van klonale en horizontale transmissie van AMR-genen. Hoewel op genomica gebaseerde surveillance steeds belangrijker wordt, blijven mobiele genetische elementen (MGE’s) moeilijk te reconstrueren vanwege hun chimere, modulaire en repetitieve aard. Deze MGE’s vormen een centraal onderdeel in elke AMR-transmissiestudie omdat ze vaak coderen voor resistentie tegen kritisch belangrijke antibiotica en zich binnen of tussen soorten en geslachten kunnen verspreiden.
Realtime sequencing via SMRT
Het FULL_FORCE consortium introduceert single molecule real-time (SMRT) sequencing in de Europese instituten die werkzaam zijn in het domein van diergezondheid en volksgezondheid. Met deze technologie is real-time sequencing mogelijk met lange sequentielezingen die extra informatie leveren over waar een lezing in het genoom moet worden geplaatst. In dit project harmoniseren, bouwen en testen we van elk partnerinstituut de SMRT-sequencingcapaciteit. We passen deze kennis toe op 6 studiecasussen die veel baat zullen hebben bij MGE-sequencing, inclusief stalen die werden geïsoleerd in het kader van nationale surveillanceprogramma’s, EFFORT- en ARDIG-projecten. Dit wordt opgevolgd door gedetailleerd onderzoek van belangrijke MGE’s en door deze kennis toe te passen op de modellering van de dynamiek van AMR in gesloten productiesystemen.
FULL_FORCE levert aan 17 EU-partners een technologische toolbox en praktijkgerichte training in SMRT-sequencing. Dit maakt een cruciale stap mogelijk naar de effectieve integratie van MGE-typering in One Health AMR-surveillance en levert een uniek inzicht in dominante MGE’s die de resistentie stimuleren bij commensale en pathogene Enterobacteriaceae in Europa.
Projectonderzoekers van Sciensano
Diensten die aan dit project werken
Partners
