SEQ-COVID-19-LABSURV - Séquençage des virus SARS-CoV-2 détectés dans le contexte des réseaux de surveillance ILI et SARI, et des autres systèmes de surveillance et d'études sur le COVID-19

Last updated on 6-2-2023 by Cassandre Dugailliez
Durée du projet :
mars 1, 2021
-
décembre 31, 2023

En bref

Les réseaux de surveillance sentinelle fonctionnent depuis de nombreuses années pour le virus de la grippe. En particulier, la surveillance des infections respiratoires aiguës sévères (SARI) par un réseau sentinelle de six hôpitaux s’est avérée très utile pour évaluer la sévérité de ce type d’infections. Dans le cadre du projet SEQ-COVID-19 LABSURV, nous évaluons l’utilisation de la surveillance des SARI comme moyen rentable et durable de suivre l’évolution génomique des virus SARS-CoV-2 à long terme et d’apporter des informations utiles pour la santé publique et pour les autorités.

Description du projet

En décembre 2019, les autorités de santé publique de Wuhan, en Chine, ont signalé un groupe de patients atteints d’un syndrome respiratoire aigu de cause inconnue. Un nouveau coronavirus, appelé par la suite coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2), a rapidement été identifié comme l’agent responsable. Le foyer initial s’est rapidement propagé à Wuhan, en Chine, puis à l’échelle mondiale, des foyers ayant été observés dans le monde entier. La maladie associée est appelée COVID-19.

Les virus évoluent constamment par le biais de mutations, et des variations du virus SARS-CoV-2, dues à des processus d’évolution et d’adaptation, ont été observées dans le monde entier. Alors que la plupart des mutations émergentes n’auront pas d’impact significatif sur la propagation du virus, certaines mutations ou combinaisons de mutations peuvent conférer au virus un avantage sélectif, tel qu’une transmissibilité accrue ou la capacité d’échapper à la réponse immunitaire de l’hôte. C’est pourquoi, à l’instar de nombreux autres pays, la Belgique a mis en place une platforme nationale de séquençage dans le cadre d’une surveillance génomique de base (GBS) visant à séquencer en continu une proportion des échantillons positifs détectés dans le pays, afin de suivre, au fil du temps, la diversité virale d’une manière représentative à la population Belge. À côté de cette surveillance passive, une surveillance active a également été mise en place afin de cibler des échantillons prioritaires pour le séquençage. Ces échantillons prioritaires visent à favoriser la détection de variants émergents, et sont sélectionnés lors de foyers épidémiques d’une ampleur inhabituelle, ou parmi les patients présentant une réinfection potentielle ou une infection après une vaccination, ou parmi les voyageurs revenant d’un pays à haut risque. Cependant, cette sélection d’échantillons pour le séquençage par la plateforme de séquençage ne permet pas d’étudier avec précision l’association entre les caractéristiques génomiques du SARS-CoV-2 et les profils des patients ou les conséquences cliniques.

Avec ce projet, nous visons à :

  • évaluer si la surveillance des SARI par un réseau sentinelle de six hôpitaux peut être utilisée pour obtenir une vue globale sur les variants du SARS-CoV-2 en circulation en Belgique et pour détecter les variants émergents.
  • combiner les résultats du séquençage avec les données cliniques pour des analyses futures sur la sévérité de la maladie associée à un variant et sur l’efficacité des vaccins.

En cas de succès, ce système pourrait représenter un outil rentable et durable pour les décideurs en matière de santé publique.

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