DIGICOVID - Développement d’une méthode PCR digitale pour la détection et la quantification précises du SARS-CoV-2

Last updated on 2-3-2021 by Hanne Reyners
janvier 1, 2021
janvier 1, 2022

Source de financement

Sciensano

En bref

Le coronavirus SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2) est le virus responsable de l’épidémie de COVID-19. Le plus souvent, un test PCR quantitatif est réalisé pour détecter sa présence. Toutefois, ce type de test a ses limites : 

  • En général, il ne cible qu’une région du virus. Si cette cible subit une mutation, ce test montrera une efficacité moindre pour identifier le virus.
  • Il est sensible aux composants d’inhibition que l’on retrouve généralement dans les matières fécales et les prélèvements environnementaux (effluents, par exemple). Par conséquent, le test échouera à détecter efficacement le virus.
  • Il offre simplement une quantification relative, ce qui implique d’établir une courbe de référence afin de déterminer la quantité de virus dans l’échantillon ; une tâche indispensable pour comparer les différents échantillons et tests.

 Sciensano développe une méthode PCR multiplexe digitale, capable de surmonter ces limites. En effet :

  • Elle permet de détecter le virus dans des échantillons présentant une faible concentration virale ;
  • Elle permet d’identifier le SARS-CoV-2 dans des matières fécales et des prélèvements environnementaux à haute teneur en composants d’inhibition ;
  • En ciblant deux régions distinctes, le test demeurera efficace en cas de mutation dans l’une de ces régions.

Résumé du projet

Le projet DIGICOVID a pour objet le développement d’une méthode PCR multiplexe digitale qui cible deux régions génomiques différentes de la séquence du SARS-CoV-2. Cette approche favorise une détection plus sensible et une quantification plus précisess du SARS-CoV-2 chez l’homme et dans les prélèvements environnementaux (effluents, par exemple). Sciensano développe et valide cette méthode à partir d’échantillons témoins d’ARN purifiés, puis procède à des tests sur une sélection de prélèvements humains et environnementaux.

Actuellement, la PCR quantitative (qPCR) est la méthode couramment utilisée pour détecter le SARS-CoV-2. Cependant, ce type de tests ne cible qu’une région du génome viral et se heurte à plusieurs limites ; limites qu’une PCR digitale en gouttelettes à deux cibles (ddPCR) permet de surmonter. 

Un test PCR digital présente les avantages suivants :

  1. En général, un test ddPCR affiche un seuil de détection inférieur et une sensibilité réduite à l’inhibition par rapport à la qPCR. 
  2. Un test ddPCR offre une quantification absolue d’une séquence cible, sans nécessiter de courbe de référence, pour des mesures quantitatives facilitées. 
  3. Le ciblage de deux différentes parties du génome permet de prendre en compte le taux élevé de mutations des virus, susceptible d’altérer l’efficacité du test du SARS-CoV-2. L’utilisation de la ddPCR en tant que méthode de détection et de quantification efficace pourrait se révéler particulièrement intéressante en contribuant à des diagnostics plus rapides, avec le placement en quarantaine de patients à faible charge virale, et à la détection du SARS-CoV-2 dans les matières fécales et les échantillons environnementaux (p. ex. eaux usées) à forte teneur en composants d’inhibition.

QR code

QR code for this page URL