En bref
Le coronavirus SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2) est le virus responsable de l’épidémie de COVID-19. Le plus souvent, un test PCR quantitatif est réalisé pour détecter sa présence. Toutefois, ce type de test a ses limites :
- En général, il ne cible qu’une région du virus. Si cette cible subit une mutation, ce test montrera une efficacité moindre pour identifier le virus.
- Il est sensible aux composants d’inhibition que l’on retrouve généralement dans les matières fécales et les prélèvements environnementaux (effluents, par exemple). Par conséquent, le test échouera à détecter efficacement le virus.
- Il offre simplement une quantification relative, ce qui implique d’établir une courbe de référence afin de déterminer la quantité de virus dans l’échantillon ; une tâche indispensable pour comparer les différents échantillons et tests.
Sciensano développe une méthode PCR multiplexe digitale, capable de surmonter ces limites. En effet :
- Elle permet de détecter le virus dans des échantillons présentant une faible concentration virale ;
- Elle permet d’identifier le SARS-CoV-2 dans des matières fécales et des prélèvements environnementaux à haute teneur en composants d’inhibition ;
- En ciblant deux régions distinctes, le test demeurera efficace en cas de mutation dans l’une de ces régions.
Description du projet
Le projet DIGICOVID a pour objet le développement d’une méthode PCR multiplexe digitale qui cible deux régions génomiques différentes de la séquence du SARS-CoV-2. Cette approche favorise une détection plus sensible et une quantification plus précisess du SARS-CoV-2 chez l’homme et dans les prélèvements environnementaux (effluents, par exemple). Sciensano développe et valide cette méthode à partir d’échantillons témoins d’ARN purifiés, puis procède à des tests sur une sélection de prélèvements humains et environnementaux.
Actuellement, la PCR quantitative (qPCR) est la méthode couramment utilisée pour détecter le SARS-CoV-2. Cependant, ce type de tests ne cible qu’une région du génome viral et se heurte à plusieurs limites ; limites qu’une PCR digitale en gouttelettes à deux cibles (ddPCR) permet de surmonter.
Un test PCR digital présente les avantages suivants :
- En général, un test ddPCR affiche un seuil de détection inférieur et une sensibilité réduite à l’inhibition par rapport à la qPCR.
- Un test ddPCR offre une quantification absolue d’une séquence cible, sans nécessiter de courbe de référence, pour des mesures quantitatives facilitées.
- Le ciblage de deux différentes parties du génome permet de prendre en compte le taux élevé de mutations des virus, susceptible d’altérer l’efficacité du test du SARS-CoV-2. L’utilisation de la ddPCR en tant que méthode de détection et de quantification efficace pourrait se révéler particulièrement intéressante en contribuant à des diagnostics plus rapides, avec le placement en quarantaine de patients à faible charge virale, et à la détection du SARS-CoV-2 dans les matières fécales et les échantillons environnementaux (p. ex. eaux usées) à forte teneur en composants d’inhibition.
