DIGICOVID - Ontwikkeling van een digitale PCR-methode om SARS-CoV-2 accuraat te detecteren en te kwantificeren

Last updated on 2-3-2021 by Hanne Reyners
januari 1, 2021
januari 1, 2022

Financierder

Sciensano

In het kort

Het Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is het virus dat verantwoordelijk is voor de COVID-19-epidemie. </p><p>De aanwezigheid ervan wordt gewoonlijk gedetecteerd met een kwantitatieve PCR-test, maar dit testtype heeft zijn beperkingen

  • Het is vaak gericht op slechts één regio van het virus, wat betekent dat als er een mutatie zou optreden in die regio, deze test minder doeltreffend zou zijn om het virus te detecteren.
  • Het is gevoelig voor inhiberende componenten die vaak aanwezig zijn in stalen van faeces en omgevingsstalen, zoals afvalwater. </li></ul><ul><li>Bijgevolg zal de test het virus niet doeltreffend detecteren.
  • Het geeft enkel een relatieve kwantificering, wat betekent dat een referentiecurve nodig is om te weten hoeveel virus in het staal aanwezig is, wat noodzakelijk is om verschillende stalen en tests met elkaar te kunnen vergelijken.

 Sciensano ontwikkelt een digitale multiplex PCR-methode omdat het deze beperkingen kan overstijgen, omdat

  • Het virus kan gedetecteerd worden in stalen met een lage virale concentratie
  • Het kan SARS-CoV-2 detecteren in stalen van faeces en afvalwater die veel inhiberende componenten bevatten
  • Door zich op twee afzonderlijke regio’s te richten zal de test niet mislukken indien een mutatie zou optreden in een van deze regio’s

Projectsamenvatting

Het DIGICOVID-project ontwikkelt een multiplex digitale PCR-methode die zich richt op 2 verschillende genomische regio’s van de SARS-CoV-2-sequentie. </p><p>Dit maakt het mogelijk om SARS-CoV-2 accurater te detecteren en te kwantificeren bij de mens evenals in omgevingsstalen zoals afvalwater.</p><p> Sciensano ontwikkelt en valideert deze methode met behulp van gezuiverde RNA-controles die vervolgens getest zijn op menselijke stalen en omgevingsstalen.

Momenteel wordt de kwantitatieve PCR (qPCR) op grote schaal gebruikt voor de detectie van SARS-CoV-2.

Deze methoden zijn echter vaak gericht op één regio van het virale genoom en ze stoten op tal van beperkingen die overwonnen kunnen worden met een digitale PCR (ddPCR)-test die op twee regio’s gericht is. 

Een digitale PCR-test heeft de volgende voordelen:

  1. Een ddPCR-test vertoont gewoonlijk een lagere detectiegrens en is minder gevoelig voor remming vergeleken met qPCR. 
  2. Een ddPCR-test levert een absolute kwantificatie van een doelsequentie op, het vereist dus geen referentiecurve en vergemakkelijkt zo de kwantificaties. 
  3. Door zich te richten op twee verschillende delen van het genoom kan een antwoord worden geboden op de hoge mutatiegraad die vaak aanwezig is in virussen en dus de doeltreffendheid van SARS-CoV-2-tests kan aantasten.</li></ol><ol><li> Het gebruik van ddPCR voor doeltreffende detectie en kwantificatie kan bijzonder interessant zijn voor een snelle diagnose, zodat patiënten met een lage virale lading snel in quarantaine worden geplaatst, en voor de detectie van SARS-CoV-2 in stalen van faeces en omgevingsstalen zoals afvalwater die veel inhiberende componenten bevatten.

QR code

QR code for this page URL