COVIDDIVER - Développement d’une méthode pour évaluer la diversité des souches du SARS-CoV-2 en circulation en Belgique

Last updated on 2-3-2021 by Hanne Reyners
janvier 1, 2021
janvier 1, 2022

Source de financement

Sciensano

Partenaires

Xavier Saelens

En bref

Le coronavirus SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2) est le virus responsable de l’épidémie de COVID-19. Depuis janvier 2021, plusieurs variants cocirculent au sein de l’UE. Avec le déploiement de vaccins et de médicaments antiviraux, cette propagation pourrait s’accroître encore plus rapidement. 

Le SARS-CoV-2 est présent dans les matières fécales des personnes contaminées ; d’où la probabilité de retrouver dans un échantillon d’eaux usées plusieurs souches virales issues de différents individus. Dans le cadre du projet COVIDDIVER, Sciensano développe une méthode pour détecter la diversité virale de ces échantillons et ainsi avoir une idée des différentes souches du SARS-CoV-2 qui circulent au sein de la population belge.
 

Résumé du projet

La variabilité du nouveau coronavirus (SARS-CoV-2) joue un rôle déterminant dans la conception de tests de diagnostic précis et le développement de vaccins et d’agents antiviraux. Dans ce projet, Sciensano élabore une méthode pour analyser des données de séquençage à haut débit du génome entier de souches présentes dans des échantillons environnementaux (p. ex. effluents). Les résultats issus de ce projet contriburont cerner la diversité des souches (variants) du SARS-CoV-2 en circulation dans la population belge.

Le SARS-CoV-2 observé dans les eaux usées émane principalement des matières fécales de personnes contaminées. Par conséquent, un échantillon d’eaux usées peut contenir plusieurs souches virales provenant de différents individus. Sciensano élabore une stratégie d’identification des différentes souches au niveau du laboratoire humide  réalisation du séquençage du génome complet sur des échantillons  et au niveau bio-informatique  analyse informatique des données obtenues  dans le but d’avoir une vue d’ensemble de la diversité des variants du SARS-CoV-2 au sein de la population belge. Notre stratégie englobe deux approches :

  1. L’approche in silico : combiner et analyser les données WGS 
  2. L’approche in vivo : optimiser et mettre en œuvre la stratégie actuelle de séquençage à partir d’une PCR pour cibler le génome entier du SARS-CoV-2 en utilisant des mélanges artificiels composés de différentes souches de variants.

Les résultats de ce projet contriburont à évaluer la diversité du SARS-CoV-2. Depuis janvier 2021, des variants cocirculent. Avec le déploiement de vaccins et de médicaments antiviraux, cette propagation pourrait s’accroître encore plus rapidement. De plus, ces variants risquent d’altérer l’efficacité des tests de diagnostic. Cette approche vient soutenir la surveillance épidémiologique actuelle ; elle pourrait même être étendue à d’autres pathogènes.

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