COVIPRIM_VAR2 - Suivi des données de séquençage du génome complet (SGC) du SARS-CoV-2 pour identifier les variants et leur impact sur les méthodes de détection

Last updated on 9-3-2021 by Mathieu Gand
février 1, 2021
décembre 31, 2021

Source de financement

Sciensano

En bref

Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) est le virus responsable de la pandémie de COVID-19. À l’heure actuelle, sa présence est essentiellement détectée au moyen d’un test moléculaire appelé PCR. Étant donné que le virus peut évoluer au fil du temps, comme l’a montré récemment l’apparition de nouveaux variants au Royaume-Uni, en Afrique du Sud et au Brésil, il est primordial d’évaluer si les méthodes PCR peuvent encore détecter correctement le SARS-CoV-2, pour un diagnostic et une surveillance efficace de la COVID-19, afin de limiter sa propagation.

Résumé du projet

Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) est le virus responsable de la pandémie actuelle de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19). La méthode de référence pour le diagnostic de la COVID-19 et la surveillance du SARS-CoV-2 (par ex. dans les eaux usées) est la détection d’ARN viral dans différents échantillons par rétro-transcription PCR en temps réel (RT-qPCR). Le principe de ce test consiste à détecter de petites régions du génome viral, spécifiques du SARS-CoV-2, à l’aide d’un ensemble de deux amorces et d’une sonde. 

Cette détection est particulièrement importante pour : 

  • établir un diagnostic correct et permettre aux patients de recevoir une assistance médicale appropriée
  • le contrôle, l’endiguement et la surveillance du SARS-CoV-2. Il est important de dépister les cas positifs de COVID-19

Les virus changent constamment par mutation, et de nouveaux variants du virus apparaissent généralement au fil du temps. De nouveaux variants du SARS-CoV-2, porteurs d’un nombre anormal de mutations, sont récemment apparus au Royaume-Uni, en Afrique du Sud et au Brésil. Ces variants sont considérés comme préoccupants car certaines de leurs mutations augmenteraient la transmissibilité du virus et auraient potentiellement un effet sur la réponse immunitaire et l’efficacité vaccinale. Les mutations du SARS-CoV-2, si elles sont situées dans des régions génomiques ciblées par les tests RT-qPCR, peuvent également avoir pour conséquence de diminuer les performances du test ou de le rendre totalement inefficace. Le risque est alors que la maladie ne soit pas correctement diagnostiquée et que les patients ne soient pas adéquatement pris en charge, ou placés en quarantaine, et que le virus continue de se propager. Il est donc important de vérifier continuellement que les méthodes PCR utilisées pour détecter le SARS-CoV-2 restent performantes.

En 2020, dans le cadre du projet COVIPRIM, une équipe de recherche de Sciensano a pu réaliser une évaluation in silico préliminaire de 30 ensembles d’amorces et sonde RT-qPCR utilisés à travers le monde pour la détection du SARS-CoV-2, à partir de plus de 4750 séquences génomiques du virus disponible dans des bases de données. Cette étude a évalué si certaines mutations pourraient éventuellement affecter la détection des souches de SARS-CoV-2 circulant à ce moment-là. Comme de nouvelles données de séquençage du SARS-CoV-2 sont continuellement téléchargées dans les bases de données génomiques (plus de 400 000 génomes sont actuellement disponibles), la même méthodologie est appliquée en 2021 dans le projet COVIPRIM_VAR2. Dans ce projet, nous évaluons régulièrement de manière in silico les performances des tests RT-qPCR et en particulier vis-à-vis des nouveaux variants. Par ailleurs, il est important de vérifier si les méthodes de type PCR peuvent être employées comme tests de dépistage de première ligne pour identifier spécifiquement et rapidement ces variants. Pour ce faire, COVIPRIM_VAR2 fournit des résultats préliminaires.  À partir des milliers de génomes du SARS-CoV-2 déjà présent dans les bases de données, on évalue si une variation génétique spécifique est représentative d’un variant et peut être utilisée comme cible pour le développement d’une méthode moléculaire. Ces informations seront ensuite partagées avec le projet DIGICOVID_VAR2 afin de mettre au point les tests de PCR digitale correspondants.

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