En bref
En cas d’épidémie d’origine alimentaire, il est crucial d’identifier rapidement l’agent pathogène impliqué et sa source afin de contenir l’épidémie et donc d’éviter des traitements coûteux ou des complications graves, potentiellement mortelles, mais aussi des pertes économiques inutiles. Le séquençage de nouvelle génération (Next-Generation Sequencing ou NGS) a entraîné une véritable révolution dans la caractérisation des pathogènes, en permettant notamment une identification rapide des gènes de résistance aux antibiotiques et des facteurs de virulence, le traçage de la source et le contrôle des épidémies d’origine alimentaire grâce au séquençage du génome entier (Whole Genome Sequencing ou WGS). Cependant, avant que cette technologie puisse être appliquée efficacement dans les enquêtes sur les épidémies, plusieurs obstacles doivent encore être surmontés. Ce projet prévoit le développement et la validation – avec et pour le Laboratoire de référence national (LRN) / Centre de référence national (CRN) – d’une plate-forme de séquençage de nouvelle génération adaptée pour le (sous-)typage en cas d’épidémie, avec les Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) pris en tant qu’étude de cas.
Description du projet
Le séquençage de nouvelle génération (Next-Generation Sequencing ou NGS) a entraîné une véritable révolution dans la caractérisation des pathogènes, en permettant notamment une identification rapide des gènes de résistance aux antibiotiques et des facteurs de virulence, le traçage de la source et le contrôle des épidémies d’origine alimentaire grâce au séquençage du génome entier (Whole Genome Sequencing ou WGS).
Cependant, avant que cette technologie puisse être appliquée efficacement dans les enquêtes sur les épidémies, plusieurs obstacles doivent encore être surmontés. Pour l’heure, il n’existe aucune plate-forme en Belgique proposant des outils appropriés pour générer et analyser rapidement les données NGS, pourtant essentielles pour pouvoir réagir rapidement en cas d’épidémie. Étant donné que le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) a choisi le WGS comme méthode standard pour la confirmation des épidémies multi-pays et que l’Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) travaille également en ce sens, il est urgent de mettre en place une telle plate-forme en Belgique.
Ce projet prévoit le développement et la validation – avec et pour le LRN / CRN – d’une plate-forme de NGS adaptée pour le (sous-)typage en cas d’épidémies, avec les Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) pris en tant qu’étude de cas. Il permettra également de mieux comprendre les isolats de STEC en circulation en Belgique. Outre l’utilisation du WGS pour les isolats, l’usage de données NGS de matrices alimentaires enrichies (métagénomique) fera également partie des pistes d’exploration. Nous examinerons également comment le flux de travail axé sur le NGS pourrait être généralisé afin de concevoir une plate-forme unique, utilisable pour la recherche sur les épidémies fondée sur les données de NGS, en Belgique, par l’inclusion d’autres pathogènes bactériens et viraux.
La plate-forme ainsi conçue permettra, au bout de 3 ans :
- de réagir rapidement en cas d’épidémies, grâce à la modernisation des méthodes actuelles de typage ; nous alignant ainsi sur le niveau d’expertise qui a cours à l’échelle européenne et respectant ainsi les exigences de l’UE
- de consolider l’expertise en bio-informatique au sein du LNR / CNR
- d’acquérir plus de connaissances sur les souches de STEC en circulation en Belgique
- d’aider à une rapide prise de décisions scientifiquement justifiées en matière de traitement, de prévention et de traçage de la source pathogène
- de proposer une plate-forme de WGS pour la recherche sur les épidémies en Belgique, c’est-à-dire une méthode utile pour tous les pathogènes.
Chercheurs de projet de Sciensano
Les services qui travaillent sur ce projet
Partenaires
