En bref
Le séquençage de nouvelle génération (NGS) et la spectrométrie de masse (MS) sont des méthodes complémentaires permettant d’obtenir des informations massives sur des pathogènes, respectivement au niveau de l’ADN et des protéines. Ces techniques peuvent par conséquent s’avérer utiles pour caractériser de manière approfondie les pathogènes et leurs toxines et faciliter ainsi une réponse adéquate en cas d’épidémie. Ces techniques sont cependant coûteuses et nécessitent de nombreuses ressources. Les instituts de santé publique doivent repenser les processus et stratégies actuellement utilisés pour intégrer ces technologies dans leurs pratiques. Ce projet exploite les collections uniques de pathogènes de Sciensano pour fournir une feuille de route pour l’utilisation efficace et appropriée du NGS et de la MS dans le cas de quatre menaces des maladies transmissibles :
- pathogènes dans des aliments contaminés responsables de foyers de maladies d’origine alimentaire ou d’intoxications ;
- résistance aux antibiotiques ou pathogènes échappant aux vaccins, entraînant de grandes épidémies humaines ;
- émergence de nouveaux virus pathogènes y compris ceux d’origine zoonotique ;
- libération accidentelle ou délibérée de pathogènes dans l’environnement entraînant des épidémies.
Le résultat de ce projet contribuera à façonner les nouvelles activités de surveillance de Sciensano.
Description du projet
Les technologies haut débit (HTT) comme le NGS et la MS peuvent potentiellement métamorphoser notre compréhension des interactions entre les microbes, les hôtes et l’environnement. Ces nouvelles technologies offrent le potentiel de permettre une réaction plus efficace à un large éventail de menaces de maladies transmissibles. Elles sont cependant coûteuses et nécessitent de nombreuses ressources . Par conséquent, les instituts de santé publique doivent repenser les processus et stratégies actuellement utilisés et tirer profit de manière rationnelle des HTT et des technologies de l’information (IT) pour prévenir les maladies et améliorer la santé.
Dès lors, l’objectif principal du projet .Be READY est de fournir une feuille de route visant à évaluer dans quels cas et à quels moments les HTT devraient être utilisées afin d’apporter une valeur ajoutée en ce qui concerne la capacité de préparation et de réaction à des menaces de maladies transmissibles. Une fois que ces avantages auront clairement été identifiés, Sciensano étudiera la manière dont les HTT peuvent contribuer positivement à ses activités de surveillance afin de procéder, dans un deuxième temps, à repenser ses méthodes actuelles de surveillance.
Afin de faciliter la production de la feuille de route, quatre scénarios de menaces fondés sur des maladies transmissibles plausibles pour la Belgique (qui seraient donc gérés par Sciensano dans une approche « one-health ») ont été soigneusement définis. À savoir :
- Pathogènes d’origine alimentaire dans des aliments contaminés responsables de foyers de maladies d’origine alimentaire et d’intoxications ;
- Adaptation microbiologique, y compris une résistance aux antibiotiques ou pathogènes échappant aux vaccins entraînant de grandes épidémies humaines ;
- Émergence de nouveaux virus pathogènes y compris ceux d’origine zoonotique ;
- Libération accidentelle ou délibérée de pathogènes dans l’environnement entraînant des épidémies.
Pour chaque scénario, des études de cas utilisant des échantillons uniques de la collection de Sciensano seront sélectionnées afin de générer des résultats démontrant les avantages des HTT pour construire la feuille de route. Ainsi, les résultats sont attendus à deux niveaux :
- le premier niveau est de haut intérêt scientifique en ce qui concerne la préparation et la réponse générales et coordonnées de Sciensano en cas de menaces / crises de maladies transmissibles ;
- le deuxième niveau est l’utilisation et la mise en œuvre de HTT avec un soutien complet en terme bioinformatique pour répondre aux questions biologiques spécifiques abordées au sein des études de cas de la proposition .Be READY.
Le projet complet devrait créer une vision scientifique commune au sein de Sciensano (entre épidémiologie, plateformes HTT, biologistes moléculaires, chimistes, bioinformaticiens et experts au sein des laboratoires nationaux de référence (LNR) ou centres de référence nationaux (CNR), parties prenantes et décideurs politiques).
Ce projet aidera Sciensano à repenser en profondeur les processus et stratégies actuellement utilisés et à tirer profit de manière rationnelle des HTT, tout en promouvant, simultanément, avec succès le développement de diagnostics innovants incluant les HTT dans une approche « one-health ».
Chercheurs de projet de Sciensano
Les services qui travaillent sur ce projet
Partenaires
