Centre National de Référence (CNR) des Pathogènes respiratoires

Pathogènes respiratoires : adenovirus, coronavirus dont SARS, human parainfluenza virus, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae, respiratory syncytial virus (RSV), human metapneumovirus (HMPV) et Influenza virus

Communiqués importants

Augmentation des cas de Mycoplasma pneumoniae

La bactérie Mycoplasma pneumoniae est en augmentation en Belgique ainsi qu’en Europe et en Asie [1]. Les infections sont principalement rapportées dans la tranche d’âge de 5 à 20 ans. Des infections plus invasives causées par Mycoplasma pneumoniae sont également rapportées. 
Vu le nombre croissant d’infections par Mycoplasma pneumoniae, le Centre National de Référence (CNR) pour les agents pathogènes respiratoires souhaite suivre cette évolution de près. Le CNR procède également à la détection de la résistance aux macrolides chez Mycoplasma pneumoniae. Nous vous demandons donc instamment de nous envoyer des échantillons positifs afin que nous puissions procéder à un typage plus poussé de Mycoplasma pneumoniae dans un intérêt épidémiologique, ainsi qu’à la détection de la résistance aux macrolides si cela s’avère nécessaire sur le plan clinique.

[1] P. M. Meyer Sauteur en M. L. Beeton of European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ESCMID) Study Group for Mycoplasma and Chlamydia Infections (ESGMAC), and the ESGMAC Mycoplasma pneumoniae Surveillance (MAPS) study group „Mycoplasma pneumoniae: delayed re-emergence after COVID-19 pandemic restrictions,” The Lancet Microbe, 23 11 2023.

Informations générales

Veuillez consulter le site suivant si vous souhaitez plus d’informations sur les rapports hebdomadaires de la surveillance génomique du SARS-CoV-2: https://www.uzleuven.be/nl/laboratoriumgeneeskunde/genomic-surveillance-sars-cov-2-belgium

Veuillez consulter le site suivant si vous souhaitez plus d’informations sur la détection hebdomadaire en temps quasi réel des agents pathogènes respiratoires à UZ Leuven: https://www.uzleuven.be/nl/laboratoriumgeneeskunde/wekelijkse-detectieresultaten-respiratoirepathogenen

 

Hépatite — Epidémie d’hépatite chez les enfants en Europe (mai 2022)

Cet épisode est suivi en coopération avec le CNR Hepatitis.
Le 6 avril 2022, le Royaume-Uni (RU)(link is external) a signalé une augmentation du nombre de cas d’hépatite aiguë chez les enfants. Par la suite, d’autres pays ont également signalé des cas depuis le 1er octobre 2021. 
Les cas sont caractérisés par des taux élevés de transaminases (ALT et/ou AST > 500 UI/L) et souvent par un ictère (= jaunisse). La cause de l’hépatite est inconnue : les virus qui causent habituellement l’hépatite (virus de l’hépatite A, B, C, D et E) n’ont été détectés dans aucun des cas. 
Actuellement, l’hypothèse la plus probable est que la poussée est liée à un agent infectieux, en particulier un adénovirus (type 40/41F)(link is external), qui pourrait donner ce tableau clinique, si l’infection est associée à un cofacteur lui-même encore inconnu. D’autres causes possibles sont également étudiées. 
En Belgique, une analyse de risques a également été réalisée et il a été demandé aux pédiatres et aux infectiologues de signaler tous les cas probables aux autorités sanitaires régionales. La définition de cas probable(link is external) est la suivante : » Un enfant (jusqu’à 16 ans) présentant une hépatite aiguë et des transaminases élevées (AST et/ou ALT > 500 UI/L), chez qui les hépatites A à E ont été exclues, avec un premier jour de maladie à partir du 1er octobre 2021 «. 
Jusqu’au 11 mai, 9 cas probables (8 en Flandre) ont été signalés. Une enquête auprès des laboratoires montre que ce tableau clinique chez les enfants a également été observé les années précédentes : il n’est donc pas encore possible de conclure si ce nombre est supérieur au nombre attendu. L’étiologie étant inconnue, aucune mesure de contrôle appropriée ne peut être recommandée à ce stade. 
Les laboratoires peuvent envoyer des échantillons suspects au CNR de l’hépatite :

Workflow

  1. Les échantillons remplissant les critères de définition sont envoyés au CNR pour les virus des hépatites (Sciensano) par voie normale accompagnés du formulaire de demande ad hoc dûment complété.
  2. Sciensano envoie les échantillons au CNR pour les maladies respiratoires (UZ Leuven) pour que soit effectuée une PCR Adenovirus.
  3. En cas de résultat positif, le CNR pour les maladies respiratoires (UZ Leuven) effectue le typage.
  4. En cas de résultat négatif, le CNR pour les maladies respiratoires (UZ Leuven) effectue une analyse métagénomique sur l’échantillon.
  5. L’excédent d’échantillon est conservé au CNR pour les virus des hépatites (Sciensano) dans le cas où des analyses complémentaires devraient être effectuées.
  6. Une fois les résultats connus, le CNR pour les virus des hépatites (Sciensano) se charge du rapportage aux clients.

Tests executés

  • qPCR Pan-Adenovirus qPCR (UZ Leuven)
  • Typage Adenovirus  (UZ Leuven)
  • Métagénomique Illumina (UZ Leuven)

​Mis à jour août 2022

Bien que la cause de ces hépatites infantiles n’ait pas encore été déterminée avec certitude, une infection par un Adenovirus semble en être un facteur ou un cofacteur (https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2022.27.31.2200483(link is external)). Une publication récente (https://doi.org/10.110½022.07.19.22277425(link is external)) évoque une infection par Adeno-associated virus 2 (AAV2) comme étant une hypothèse étiologique. 

Le virus est détectable dans le plasma. Par conséquent, nous vous saurions gré de prélever du sang total et de nous faire parvenir le plasma. Nous considérons toutefois important de continuer les investigations dans d’autres matrices et nous vous invitons à continuer à nous envoyer des selles par exemple lorsque c’est possible.

COVID-19

En décembre 2019, une épidémie de la maladie COVID-19, provoqué par un nouveau coronavirus (SARS-CoV-2) a éclaté à Wuhan, en Chine. Veuillez trouver la dernière mise à jour de la situation épidémiologique pour des informations épidémiologiques actuelles.

Qui doit être testé pour le COVID-19 ?

Comment organiser le test de diagnostic?

  • Il est obligatoire de remplir le formulaire électronique de HealthData (pour les médecins généralistes) et d’en envoyer une copie imprimée avec l’échantillon. Dans les hôpitaux, les mêmes données doivent être collectées et envoyées via le système que l’hôpital met à disposition.
  • Les diagnostics sont effectués par des laboratoires médicaux locaux (liste des laboratoires disponible sur le site de Sciensano) ou par le Centre National de Référence pour les agents pathogènes respiratoires (site : UZ Leuven). Les centres de triage ou les collectivités peuvent travailler avec la plate-forme fédérale du testing.
  • Si vous avez des questions concernant le résultat d’un test COVID-19 effectué par le CNR, veuillez contacter le CNR aux numéros de téléphone suivants : 016/34.62.19 ou au 016/34.64.40.

Pour l’emballage d’échantillon de COVID-19, voir le site web de Sciensano, ›COVID19_procedure_sampling›:

Le prélèvement doit être :

  1. dans un tube UTM, dans
  2. un sachet plastique hermétiquement refermable avec un papier absorbant, dans
  3. une enveloppe matelassée.

Veuillez ajouter le formulaire de demande dans un deuxième sachet plastique, et attacher le tout à l’extérieur de l’enveloppe matelassée.  

Liens utiles

Les slides de la session d’information (26/10/2023) concernant les activités du CNR Pathogènes Respiratoires peuvent être consultées via: Session d’information octobre 2023 

Laboratoires responsables

Coordinateur

Associé

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