COVIPRIM - Surveillance de la performance des méthodes de détection de SRAS-CoV-2 dans des échantillons cliniques à l'aide de données de séquençage

Last updated on 23-12-2020 by Lieke Vervoort
avril 1, 2020
décembre 31, 2020

Source de financement

Sciensano

En bref

Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) est le virus responsable de l’épidémie liée à la maladie du coronavirus 2019 (COVID-19). Les cas de COVID-19 sont confirmés par détection de la présence du virus dans l’échantillon du patient, via un test moléculaire appelé PCR. Il est important de surveiller la performance de ces tests afin de limiter  la dissémination du virus.

Résumé du projet

Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) est le virus responsable de la maladie du coronavirus 2019 (COVID-19) et de la pandémie mondiale qui a débuté en décembre 2019. Le SRAS-CoV-2 est un virus à ARN et les cas de COVID-19 sont confirmés par la détection de l’ARN viral dans l’échantillon du patient, via un test moléculaire appelé RT-qPCR.

Le principe de ce test réside en la détection de petits fragments du génome viral qui sont spécifiques du SRAS-CoV-2. Cette détection est d’une importance majeure car elle permet :

  • d’établir un diagnostic correct afin que le patient reçoive les soins médicaux appropriés
  • d’identifier les cas positifs de COVID-9 afin de contrôler, surveiller et contenir le SRAS-CoV-2.

Cependant, il est possible que le virus évolue et mute avec le temps, et que les tests RT-qPCR ne puisse plus le détecter. Cela pourrait conduire à un diagnostic incorrect du patient qui ne serait pas pris en charge par le système de santé et ne serait pas placé en quarantaine et contribuerait ainsi à la diffusion du virus.

Dans le contexte du combat contre le SRAS-CoV-2, plusieurs projets ont démarré à Sciensano. Grâce au projet COVIPRIM, une équipe de recherche de Sciensano a été capable de réaliser une évaluation préliminaire in silico de 12 tests RT-qPCR utilisés dans le monde entier pour la détection du SRAS-CoV-2. Plus de 4 750 séquences génomiques de SRAS-CoV-2, accessible publiquement, ont été incluses dans cette étude et l’impact potentiel de certaines mutations pouvant affecter la détection correcte par RT-qPCR de souches circulantes de SRAS-CoV-2, a été évalué

Comme de nouvelles données de séquençage de SRAS-CoV-2 sont continuellement ajoutées aux bases de données génomiques, les scientifiques de Sciensano vont régulièrement surveiller la performance des tests RT-qPCR actuellement utilisés en Belgique et dans le monde, mais aussi celle des futurs tests, en appliquant la même méthodologie, afin de s’assurer que ces tests produisent des résultats fiables. Cela aura d’autant plus d’importance si des mutations apparaissent dans le génome du SRAS-CoV-2, ce qui arrivera sans aucun doute lorsqu’un vaccin ou un traitement aura été mis en place.

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