COVIPRIM - Monitoring van de performantie van detectiemethoden voor SARS-CoV-2 in klinische stalen met behulp van sequentiegegevens

Last updated on 23-12-2020 by Lieke Vervoort
april 1, 2020
december 31, 2020

Financierder

Sciensano

In het kort

Het Severe Acute Respiratory Syndrome-gerelateerde Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is het virus dat verantwoordelijk is voor de huidige pandemie van de Coronavirus-ziekte 2019 (COVID-19). COVID-19-gevallen worden bevestigd door de detectie van de aanwezigheid van het virus in stalen van patiënten door middel van een moleculaire test, oftewel PCR-tests. Het is belangrijk om de performantie van deze tests te controleren om de verspreiding van het virus te stoppen.

Projectsamenvatting

Het Severe Acute Respiratory Syndrome-gerelateerde Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is het virus dat verantwoordelijk is voor de huidige Coronavirus-ziekte 2019 (COVID-19) en de pandemie die in december 2019 begon. SARS-CoV-2 is een RNA-virus en COVID-19 gevallen worden bevestigd door de detectie van het virale RNA in stalen van patiënten door middel van moleculaire tests, RT-qPCR genaamd.

Het principe van deze test bestaat erin om kleine regio’s op het virale genoom te detecteren die specifiek zijn voor SARS-CoV-2. Deze detectie is erg belangrijk voor:

  • het stellen van een juiste diagnose zodat patiënten de juiste medische hulp kunnen krijgen 
  • voor de controle, inperking en surveillance van SARS-CoV-2 is het belangrijk dat COVID-19-positieve gevallen worden geïdentificeerd.

Omdat het virus echter in de loop van de tijd kan evolueren en muteren, is het mogelijk dat de RT-qPCR-tests het virus niet langer detecteren, met het risico dat patiënten een verkeerde diagnose krijgen en niet de juiste zorg krijgen. Daarnaast is het mogelijk dat personen die positief zijn voor COVID-19, niet in quarantaine gaan, wat bijdraagt aan de verdere verspreiding van het virus.

In het kader van de strijd tegen SARS-CoV-2 zijn bij Sciensano verschillende projecten gestart. Dankzij dit COVIPRIM-project kan een onderzoeksteam van Sciensano een voorlopige in silico-evaluatie uitvoeren van 12 RT-qPCR-tests, die wereldwijd worden gebruikt voor SARS-Cov-2-detectie. Meer dan 4750 publiek beschikbare genoomsequenties van het SARS-CoV-2-virus werden in deze studie opgenomen en er werd geëvalueerd of sommige mutaties mogelijk de correcte detectie door deze RT-qPCR-tests van circulerende SARS-CoV-2-varianten zouden kunnen beïnvloeden.

Aangezien nieuwe SARS-CoV-2-sequentiegegevens continu worden opgeladen naar de genomische databanken, zullen de wetenschappers van Sciensano de performantie van de momenteel gebruikte en toekomstige RT-qPCR-tests opvolgen, inclusief van diegene die in België worden gebruikt. Hiervoor zullen ze deze methodologie regelmatig opnieuw toepassen, om ervoor te zorgen dat deze tests betrouwbare resultaten opleveren. Dit is nodig in het licht van mogelijke mutaties die in de loop van de tijd in het SARS-CoV-2-genoom optreden, zeker zodra er een vaccin of behandeling beschikbaar is.

QR code

QR code for this page URL