En bref
La résistance aux antibiotiques est un problème majeur pour la santé. Afin de mieux surveiller comment la résistance aux antibiotiques se maintient et/ou se propage dans les bactéries, il est essentiel de déterminer quel(le)s gènes ou mutations sont la cause de la résistance. Dans ce projet nous développons un test permettant de détecter les principaux déterminants génétiques de la résistance aux antibiotiques critiques dans la lutte contre les entérobactéries (E. coli, Salmonelles,…).
Description du projet
Ce projet vise à développer un système qui peut :
- substantiellement élargir la portée des campagnes officielles de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (RAM)
- améliorer les analyses de routine des échantillons cliniques, vétérinaires et de la chaîne alimentaire d’une manière abordable et contrôlée et qui ne présente pas de problème de propriété intellectuelle, pas de dépendance par rapport à un software et qui ne demande que des réactifs standards de laboratoire.
Il fournira des données génétiques qui sont complémentaires aux données phénotypiques obtenues par antibiogramme.
Description du test
L’AMR-ARRAY est un test multiplexé fait-maison basé sur une ligation spécifique de sondes et couplé à un instrument utilisant des microbilles, nécessitant un travail manuel limité. Etant donné qu’il n’existe pas de test RAM libre d’accès qui utilise des microbilles en suspension liquide, ce projet remplit un trou méthodologique dans le set actuel de tests disponibles pour l’identification de gènes RAM. Avec cette approche expérimentale, les améliorations/mises à jour sont facilement réalisables (ajout aisé de sondes) selon la situation épidémiologique en constante évolution et les données de séquences disponibles, sans nécessiter une revalidation de toute la technique.
Déterminants génétiques ciblés
Le micro-array ciblera les principaux déterminants génétiques de la résistance aux antibiotiques d’importance critique pour la médecine humaine dans la lutte contre les bactéries Gram-négatives. Cela comprend les gènes ou mutations conférant des résistances aux β-lactamines (AmpC, ESBL, et carbapénèmases), aux fluoroquinolones, à la colistine, aux macrolides et aux aminoglycosides. Ce micro-array permettra de déterminer les principaux génotypes observés en Belgique dans les bactéries isolées d’animaux de rente, dans la chaîne alimentaire ou chez les humains. Ce test permettra d’établir un génotype RAM pour chaque souche testée. La concordance entre ce génotype et le phénotype déterminé par micro-dilution sera ensuite évaluée. Dans le cas où les génotypes obtenus ne correspondraient pas aux phénotypes observés, ce test pourra alors mettre en évidence des déterminants génétiques de résistance plus rares ou inconnus jusqu’à présent, via l’analyse par séquençage de génomes de cette sélection de bactéries atypiques.
