In het kort
Antibioticaresistentie is een groot gezondheidsprobleem. Om beter te bewaken op welke wijze antibioticaresistentie zich handhaaft en/of zich verspreidt in de bacteriën, is het essentieel te bepalen welk(e) gen(en) of mutaties er aan de oorsprong van liggen. In dit project ontwikkelen wij een test om de voornaamste genetische determinanten van de resistentie tegen de kritische antibiotica te detecteren in de strijd tegen de enterobacteriën (E. coli, Salmonella, …).
Projectbeschrijving
Dit project is bedoeld om een systeem te ontwikkelen dat het volgende kan:
- het bereik van de officiële campagnes voor de surveillance van antimicrobiële resistentie (AMR) substantieel vergroten;
- de routineanalyses van de klinische en veterinaire monsters en de voedselketen op een haalbare en gecontroleerde wijze verbeteren, zonder problemen op het vlak van intellectueel eigendom, zonder afhankelijkheid van een software en waarvoor enkel standaardlaboratoriumreagentia vereist zijn.
Het zal genetische informatie opleveren die een aanvulling vormt op de fenotypische gegevens die worden verkregen met antibiogram.
Beschrijving van de test
AMR-ARRAY is een huisgemaakte multiplextest gebaseerd op een specifieke afbinding van sondes en gekoppeld aan een instrument dat microbolletjes gebruikt, waarvoor wat manueel werk vereist is. Aangezien er geen vrij toegankelijke AMR-test bestaat die microbolletjes in liquide suspensie gebruikt, vult dit project een methodologische leemte op in de bestaande reeks testen die beschikbaar zijn voor de identificatie van AMR-genen. Met deze experimentele benadering zijn de verbeteringen/updates gemakkelijk te realiseren (vlotte toevoeging van sondes) naargelang van de epidemiologische situatie in permanente evolutie en de beschikbare gegevens van sequenties, zonder dat de hele techniek opnieuw gevalideerd moet worden.
Gerichte genetische determinanten
De micro-array mikt op de voornaamste genetische determinanten van de resistentie tegen antibiotica die van kritisch belang zijn voor de humane geneeskunde in de strijd tegen de gramnegatieve bacteriën. Dit omvat de genen of mutaties die resistenties verlenen tegen de β-lactamines (AmpC, ESBL, en carbapenemasen), de fluorochinolonen, colistine, de macroliden en de aminoglycosiden. Met deze micro-array kunnen de voornaamste genotypes worden bepaald die worden waargenomen in België in de geïsoleerde bacteriën van gebruiksdieren, in de voedselketen of bij de mens. Met deze test kan een AMR-genotype worden bepaald voor elke geteste stam. De concordantie tussen dat genotype en het fenotype dat wordt bepaald door microdilutie, wordt vervolgens geëvalueerd. Indien de verkregen genotypes niet overeenstemmen met de waargenomen fenotypes, kan die test zeldzamere of vooralsnog ongekende genetische determinanten van resistentie aan het licht brengen via de analyse door sequenering van genomen van deze selectie van atypische bacteriën.
