Base de données moléculaire foyer d’origine alimentaire [MolDbFBO]

Last updated on 29-3-2019 by Daisy Tysmans

Partenaires

Alessandro Delfino
Luca Pasinato

En bref

Les infections d’origine alimentaire restent un problème mondial avec un impact significatif sur la santé publique. Nombre de ces infections se produisent au domicile des gens ou lors de réunions de groupe. Elles sont souvent causées par une mauvaise hygiène ou des conditions de conservation inadéquates. Dans ces cas, l’agent pathogène (à savoir l’agent responsable des maladies comme les bactéries, les virus, etc.) et l’aliment responsables des symptômes sont faciles à identifier, étant donné qu’un lien clair existe avec l’aliment consommé. Toutefois, il peut arriver que l’agent pathogène soit connu alors que l’aliment contaminé ne l’est pas. Afin de détecter, d’étudier et de contrôler ces dits foyers « d’origine alimentaire » (FOA), les laboratoires de référence nationaux devraient disposer d’une base de données moléculaire.

Résumé du projet

Au cours des dernières décennies, les techniques « d’empreinte microbienne », également appelée typage moléculaire, ont connu une évolution rapide. Certaines de ces techniques sont apparues comme des méthodes de typage « étalon-or » à l’échelle internationale. Elles sont utilisées pour la surveillance des agents pathogènes d’origine alimentaire les plus courants, tels que Salmonella, Listeria et E. coli producteur de shigatoxine, dans le monde. Toutes les données moléculaires générées par ces systèmes de surveillance sont stockées au niveau national dans une base de données moléculaire.

Dans le cadre de ce projet, nous développons et entretenons cette base de données des agents pathogènes d’origine alimentaire les plus courants. C’est pourquoi les données moléculaires de souches bactériennes dérivées des programmes de contrôle officiels de l’Agence fédérale pour la sécurité de la chaîne alimentaire (AFSCA) belge sont analysées et entretenues dans une base de données. Sur la base de ces données, des tendances dans certains sous-types peuvent être contrôlées et, si nécessaire, des mesures de prévention peuvent être prises pour garantir la santé publique.

Dans le cadre de recherches sur un foyer d’origine alimentaire spécifique, le profil moléculaire des souches concernées peut être comparé à des souches existantes dans la base de données ou à des souches récemment typées isolées au cours de l’étude. Certains foyers d’origine alimentaire peuvent traverser les frontières nationales. Dans ces cas, un échange efficace de données de typage moléculaire entre pays est essentiel. À cette fin, l’Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) et le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) ont créé une base de données européenne commune, qui permet aux États membres européens de télécharger des données de typage nationales pour qu’elles soient analysées par le laboratoire de référence européen compétent et partagées avec d’autres pays. La base de données commune a été testée, modifiée et utilisée, en étroite collaboration avec l‘EFSA, durant ce projet.

Outre les techniques de typage classiques, des technologies à haut rendement, comme le séquençage de génome complet (SGC), gagnent en importance. C’est pourquoi ces techniques sont de plus en plus utilisées lors des recherches sur un foyer d’origine alimentaire, ce qui permet une caractérisation génétique approfondie. Le développement et la mise en œuvre de cette technique sont réalisés en collaboration avec notre service Activités transversales en génomique appliquée, au sein du projet Next Generation Sequencing and Bioinformatics for Public Health (NGS&Bio-IT project).

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