Moleculaire databank voedselinfectie [MolDbFBO]

Last updated on 29-3-2019 by Daisy Tysmans

Partners

Alessandro Delfino
Luca Pasinato

In het kort

Voedselinfecties blijven een wereldwijd probleem met een significante impact op de volksgezondheid. Veel van deze infecties treden op in tehuizen of bij groepsbijeenkomsten, vaak door een gebrek aan hygiëne of inadequate bewaringscondities. In die gevallen kan gemakkelijk worden geïdentificeerd welk pathogeen (i.e. de agens die verantwoordelijk is voor aandoeningen zoals bacteriën, virussen, enz.) en welk voedingsmiddel verantwoordelijk zijn voor de symptomen, aangezien er een duidelijk verband bestaat met het geconsumeerde voedingsmiddel. In andere gevallen echter is het pathogeen bekend, terwijl het gecontamineerde voedingsmiddel dat niet is. Om deze zogenaamde ‘voedselinfecties’ te detecteren, te onderzoeken en te monitoren, zouden de nationale referentielaboratoria in het bezit moeten zijn van een moleculaire database.

Projectsamenvatting

De laatste decennia ondergingen de technieken voor ‘microbiële vingerafdruk’, ook gekend als moleculaire typering, een snelle evolutie.

Sommige van die technieken zijn geëvolueerd tot ‘gouden standaard’ typeringsmethodes op een internationale schaal.

Die worden wereldwijd gebruikt bij de bewaking van de meest gebruikelijke pathogenen van voedselinfecties, zoals Salmonella, Listeria en Shiga toxin producerende E. coli.

Alle moleculaire gegevens die worden gegenereerd door deze bewakingssystemen, worden nationaal opgeslagen in een moleculaire database.

In dit project ontwikkelen en onderhouden we zo’n database voor de meest gangbare pathogenen van voedselinfecties.

Daarvoor worden de moleculaire gegevens van bacteriële stammen, afgeleid van de officiële controleprogramma’s van het Belgische Federale Agentschap voor de Veiligheid van de Voedselketen (FAVV), geanalyseerd en bijgehouden in één database.

Op basis van deze gegevens kunnen trends bij bepaalde subtypes worden gemonitord en indien nodig kunnen preventieve maatregelen worden getroffen om de volksgezondheid te beschermen.

In het kader van onderzoeken naar specifieke voedselinfecties kan het moleculaire profiel van de stammen in kwestie worden vergeleken met bestaande stammen in de database of met nieuw getypeerde stammen die werden geïsoleerd in de loop van het onderzoek.

Sommige voedselinfecties kunnen grensoverschrijdend zijn. In die gevallen is een efficiënte uitwisseling van de gegevens van moleculaire typering van doorslaggevend belang.

Met het oog daarop hebben de Europese Autoriteit voor Voedselveiligheid (EFSA) en het Europees Centrum voor ziektepreventie en -bestrijding (ECDC) een gedeelde Europese database opgezet, zodat de Europese lidstaten nationale typeringsgegevens kunnen uploaden om te worden geanalyseerd door het relevante Europese Referentielaboratorium en te worden gedeeld met andere landen.

Gedurende dit project werd de gezamenlijke database getest, gewijzigd en gebruikt, in nauwe samenwerking met EFSA.

Naast de klassieke typeringstechnieken winnen technologieën met hoge doorvoer, zoals Whole Genome Sequencing of WGS aan belang.

Daarom worden deze technieken steeds meer gebruikt in het onderzoek naar voedselinfecties, zodat een meer diepgaande genetische karakterisering mogelijk is.

De ontwikkeling en implementatie van deze techniek vindt plaats in samenwerking met onze dienst Transversale activiteiten in toegepaste genomica, in het project Next generation sequencing en bio-informatica voor volksgezondheid (NGS&Bio-IT project).

QR code

QR code for this page URL