CoVWWSurv - Surveillance nationale du SARS-CoV-2 et de ses variants dans les eaux usées

Last updated on 24-5-2022 by Cassandre Dugailliez

En bref

Il s’agit de la mise en place d’une surveillance du coronavirus (SARS-CoV-2) via l’analyse des eaux usées, ayant pour objectif la détection précoce de toute évolution sensible de la circulation du virus dans la population. Ce système de surveillance couvre environ 45% de la population belge, au travers de l’analyse des eaux usées en entrée de station d’épuration, à raison de deux fois par semaine. L’analyse des eaux usées porte sur  :

  • les teneurs virales en SARS-CoV-2 (copies ARN/ml)
  • la charge de contamination fécale humaine (via un indicateur viral : le PMMoV), afin de standardiser les résultats sur la population effectivement intégrée par l’outil (c’est-à-dire les personnes dont les selles sont traquées par les prélèvements d’eaux usées)
  • début 2022, la surveillance des variants (VoCs) sera aussi réalisée (financement européen), afin de suivre la distribution spatio-temporelle de ceux-ci via les eaux usées.

Résumé du projet

Les objectifs de cette surveillance sont :

  • la détection précoce de toute augmentation significative de la circulation du virus 
  • le monitoring des variants présents
  • le soutien aux preneurs de décision.

Plus précisément, le projet a pour utilité de :

  • Compléter et appuyer les outils de surveillance existants en termes de détection précoce de la circulation du SARS-CoV-2. Pour appuyer la prise de décision, il est essentiel d’améliorer l’interprétabilité des résultats d’analyse d’eaux usées. Cela passe par l’intégration de paramètres complémentaires parmi lesquels :
    • la quantification du SARS-CoV-2 (ARN/ml)
    • une estimation plus précise du nombre de personnes captées par le prélèvement (via l’analyse d’indicateurs de contamination fécale)
  • Disposer de davantage d’information sur les variants en circulation, et l’évolution de la proportion de ceux-ci dans la population
  • Complémentaire aux autres surveillances en place car  : 
    • elle reflète davantage (par rapport aux surveillances existantes) la circulation du virus chez les personnes asymptomatiques et à symptômes légers
    • elle est indépendante de la capacité de testing clinique
    • elle est non-invasive (pas d’ échantillons cliniques nécessaire)
    • elle est moins sujette aux biais (indépendante de la stratégie de dépistage en cours)
    • elle présente une approche de testing rapide et bonne en termes de coût/efficacité
  • Développer pour la Belgique une expertise en épidémiologie des eaux usées, utile au suivi d’autres maladies infectieuses d’importance en santé publique (comme notamment le poliovirus), et dans le contexte de détection de potentielles épidémies à venir. 

Le Service Epidémiologie des maladies infectieuses de Sciensano coordonne le projet, avec l’implication de plusieurs services et directions scientifiques de l’institut : 

  • Service des pathogènes alimentaires, qui coordonne le volet « laboratoire et analyses »
  • Service Activités transversales en génomique appliquée (TAG), notamment pour la partie R&D du screening des variants, et le développement de méthodes ddPCR adaptées, sensibles et spécifiques au variants.

Deux types de partenariats sont en place, ciblant respectivement les objectifs suivants :

  • Disposer d’un outil appuyant la détection précoce de tout rebond de l’épidémie de COVID-19, par l’analyse de SARS-CoV-2 sur des échantillons d’eaux usées. Les laboratoires impliqués sont : 
    • Laboratoire de Sciensano (Service des pathogènes alimentaires) pour les analyses de Bruxelles et 50% des analyses de Flandre
    • E-Biom (spin-off de l’UNamur et partenaire de la Société Publique de Gestion de l’Eau — SPGE) pour la totalité des analyses en Wallonie
    • Le Laboratoire Microbiologie, Parasitologie et Hygiène (LMPH) et le Centre de Toxicologie de la faculté des sciences pharmaceutiques, vétérinaires et biomédicales de l’UAntwerpen pour 50 % des analyses en Flandre
  • Améliorer le système de surveillance et d’alerte via une modélisation statistique plus avancée, afin d’obtenir une corrélation accrue entre les cas cliniques positifs et les résultats des eaux usées . Les principaux partenaires scientifiques impliqués sur ce volet sont : UNamur, UGent, et Sciensano (Service Epidémiologie des maladies infectieuses).
  • Le projet collabore également avec les acteurs du secteur des eaux usées suivants: Aquafin (Flandre), Hydria (STEP Bruxelles-Sud), Aquiris (STEP Bruxelles-Nord), notamment pour la logistique d’échantillonnage et la collecte des données utiles au développement de la surveillance (population couverte, débit d’entrée de STEPSTations d’EPuration).

Résultats

La situation épidémiologique basée sur les eaux usées peut être suivie de façon hebdomadaire via :

  • La page « eaux usées » du tableau de bord COVID-19 de Sciensano, via un aperçu graphique des résultats « en temps réel »
  • Le rapport hebdomadaire des derniers résultats, basé sur un système d’alerte et de mise en évidence des tendances à la hausse
  • Le rapport hebdomadaire de la situation épidémiologique présenté par le RAG (basé sur plusieurs indicateurs) et validé par le RMG, disponible en Français et Néerlandais
  • Une annexe méthodologique avec plus de détails sur les méthodes mises en œuvre dans la surveillance eaux usées

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