HERA-BE-WGS - Consolidation de l'infrastructure nationale pour la surveillance microbiologique, génomique et épidémiologique combinée des maladies infectieuses

Last updated on 21-6-2024 by Amber Van Laer
Durée du projet :
janvier 1, 2023
-
décembre 31, 2024

En bref

Une architecture interopérable est essentielle pour renforcer la préparation aux futures pandémies potentielles. C’est pourquoi une infrastructure belge globale de santé en ligne, appelée be.Prepared, a été mise en place pour améliorer la surveillance des maladies infectieuses. be.Prepared permet de centraliser la collecte, le traitement et la mise en relation de données cliniques/épidémiologiques avec des données d’indicateurs génomiques microbiens issus d’analyses de séquençage du génome entier (whole genome sequencing ou WGS), et ce de manière sécurisée

Pour plus d’informations, veuillez consulter la page web HERA-Incubator-WGS.

Description du projet

HERA-BE-WGS, une consolidation de l’initiative HERA-Incubator-WGS

Le projet continue d’améliorer la gestion et l’échange de données génomiques microbiennes et de données cliniques/épidémiologiques en établissant une architecture nationale globale de santé en ligne, appelée be.Prepared. Cette architecture consiste en un «data warehouse» (DWH) de données central pour la collecte et le stockage des données du Centre national de référence (CNR) (c’est-à-dire les résultats cliniques, épidémiologiques et microbiologiques classiques) et des résultats microbiologiques génomiques, ainsi qu’en une plateforme centrale BioIT et une plateforme centrale CNR. Le traitement et la communication harmonisés et normalisés de ces types de données dans be.Prepared facilitent l’identification rapide et efficace d’éventuels nouveaux variants ou d’autres maladies infectieuses émergentes. L’initiative se concentrera sur l’échange et l’extraction de données pour l’établissement de rapports à l’intention de divers acteurs de la santé publique. L’exportation de données est essentielle pour permettre l’utilisation des outils de surveillance et de visualisation existants en dehors de la plateforme healthdata.be et pour garantir la production de rapports nationaux et internationaux
En outre, il est également nécessaire de disposer d’un flux de données minimal en plus des données génomiques microbiennes vers la plateforme centrale BioIT, ce qui permettra d’utiliser un logiciel d’analyse génomique pour effectuer une détection automatisée des grappes et une exploration interactive des grappes, qui sera de préférence mis à disposition dans l’environnement de la plateforme du CNR à un stade ultérieur du projet. La gouvernance des données et l’authentification pour l’accès aux données dans toutes les composantes de l’infrastructure nationale de santé en ligne sont cruciales, et les procédures sont définies en consultation avec des experts à l’intérieur et à l’extérieur de Sciensano.

L’architecture de be.Prepared

L’architecture concrète des données, ses infrastructures et les flux de données entre ces infrastructures sont décrits comme l’architecture ou le paysage de be.Prepared. Une conception de haut niveau de ce paysage est décrite ci-dessous

Title Text: 
be.Prepared landscape
Figure 1: Aperçu de l’architecture de be.Prepared et de ses différents composants. Les données cliniques et épidémiologiques sont collectées au niveau des centres nationaux de référence (CNR) et envoyées à Healthdata.be. Les données génomiques seront transférées à la plateforme BioIT où s’effectuera le traitement primaire des résultats. À partir de la plateforme centrale BioIT, les données génomiques sont envoyées à la plateforme centrale du CNR, où une connectivité est en place avec la plateforme Healthdata.be pour combiner les données génomiques cliniques, épidémiologiques et microbiennes au sein de la plateforme du CNR, conformément à leurs mandats. La plateforme Healthdata.be couvre le «data warehouse» de données pseudonymisées qui peut être utilisé pour l’établissement de rapports et la recherche.

Chercheurs du projet

Ce projet est rendu possible grâce à l’engagement sans faille des membres des initiatives HERA-Incubator-WGS et HERA-BE-WGS pour les maladies infectieuses. 

  • Heleen Masset, Service d’épidémiologie des maladies infectieuses, Sciensano
  • Amber Van Laer, Service d’épidémiologie des maladies infectieuses, Sciensano
  • Christine Verfaillie, Service d’épidémiologie des maladies infectieuses, Sciensano
  • Dieter Van Cauteren, Service d’épidémiologie des maladies infectieuses, Sciensano
  • Ruben Brondeel, Service d’épidémiologie des maladies infectieuses, Sciensano
  • Nathalie Bossuyt, Service d’épidémiologie des maladies infectieuses, Sciensano
  • Yinthe Dockx, Service d’épidémiologie des maladies infectieuses, Sciensano 
  • Koen Blot, Service d’épidémiologie des maladies infectieuses, Sciensano
  • Karin De Ridder, Direction scientifique Epidémiologie et santé publique, Sciensano
  • Michaël Kelchtermans, Service des activités transversales en génomique appliquée, Sciensano
  • Benoît Bergk Pinto, Service des activités transversales en génomique appliquée, Sciensano
  • Kevin Vanneste, Service des activités transversales en génomique appliquée, Sciensano
  • Raf Winand, Service des activités transversales en génomique appliquée, Sciensano
  • Ann-Stephan Gori, Service des activités transversales en génomique appliquée, Sciensano
  • Kato Milis, Service des activités transversales en génomique appliquée, Sciensano 
  • Stefan Hoffman, Service des activités transversales en génomique appliquée, Sciensano
  • Sigrid De Keersmaecker, Service d’activités transversales en génomique appliquée, Sciensano
  • Lara Van den Bossche, Service d’activités transversales en génomique appliquée, Sciensano
  • Nancy Roosens, Service d’activités transversales en génomique appliquée, Sciensano
  • Philippe Herman, Direction scientifique Risques biologiques pour la santé, Sciensano
  • Jolein Laumen, Service des maladies bactériennes, Sciensano
  • Florian Commans, Service des maladies bactériennes, Sciensano
  • Wesley Mattheus, Service des maladies bactériennes, Sciensano
  • Pieter-Jan Ceyssens, Service des maladies bactériennes, Sciensano
  • An Van Den Bossche, Service des maladies bactériennes, Sciensano
  • Vanessa Mathys, Service des maladies bactériennes, Sciensano
  • Sarah Denayer, Service des maladies virales, Sciensano
  • Cyril Barbezange, Service des maladies virales, Sciensano
  • François Dufrasne, Service des maladies virales, Sciensano
  • Sofie Leen, Service des maladies virales, Sciensano
  • Inne Nauwelaers, Service des maladies virales, Sciensano
  • Steven Van Gucht, Service des maladies virales, Sciensano
  • Katelijne Dierick, Direction scientifique Maladies infectieuses chez l’homme, Sciensano
  • Eric Mairiaux, Service LIMS, Sciensano
  • Kenneth Eeckeman, Direction Technologie de l’information et de la communication, Sciensano
  • Marijke Pauwels, Service de Healthdata.be, Sciensano
  • Kurt Vanbrabant, Service de Healthdata.be, Sciensano
  • Jamal Rabaia, Service de Healthdata.be, Sciensano
  • Katrien Alpaerts, Service de Healthdata.be, Strategy and external positioning (SEP), Sciensano
  • Jean-Pierre Mathey, Service de Healthdata.be, Strategy and external positioning (SEP), Sciensano
  • Giulia Leonetti, Service de Healthdata.be, Strategy and external positioning (SEP), Sciensano
  • Daphné Rasier, Service de Healthdata.be, Strategy and external positioning (SEP), Sciensano
  • Ilse Dossche, Service de Healthdata.be, Strategy and external positioning (SEP), Sciensano
  • Gaetan Muyldermans, Service de Healthdata.be, Strategy and external positioning (SEP), Sciensano
  • Sofie De Broe, Strategy and External Positioning (SEP), Sciensano
  • Roel Heijlen, Service de Qualité, (bio)sécurité et environnement, Sciensano  
  • Arnaud Capron, Qualité de service des laboratoires, Sciensano
  • Jorgen Stassijns, Service Coordination des crises, Sciensano

Résultats

Cadre juridique

Comité de sécurité de l’information (CSI

Pour le système national global d’information sur la santé publique, appelé be.Prepared, il a été demandé au CSI belge d’approuver la collecte de données de la manière suivante (Uniquement disponible en néerlandais):

  1. Sur une base technique générique pour la collecte et l’échange de données à caractère personnel à des fins de santé dans le cadre de Be-HERA (Approbation le 12.09.2022).
  2. Sur une base d’application pour la collecte et l’échange de données à caractère personnel à des fins médicales via Be-HERA en ce qui concerne les rapports des centres nationaux de référence pour la microbiologie humaine. (Approbation le 07.02.2023) 

Avis de confidentialité

L’avis de confidentialité vous explique de manière claire, transparente et simple mais correcte quand, pourquoi et comment Sciensano recueille, utilise et protège les informations personnelles (Uniquement disponible en néerlandais): Déclaration de confidentialité be.Prepared 

Kick-off HERA-BE-WGS

Le 11 janvier 2023, la réunion officielle de lancement de HERA-BE-WGS a eu lieu. La présentation de cette réunion est disponible publiquement (uniquement en anglais).

Valorisation

  • Le 11 mai 2023 a eu lieu le Symposium de Sciensano sur les maladies infectieuses (SsID). Pour ce projet HERA-BE-WGS, une affiche scientifiques et une brochure ont été conçues (Uniquement disponible en anglais).  
  • Le 26 avril 2024, ESCMID Global (anciennement ECCMID) a eu lieu à Barcelone. Un poster scientifique a été conçu et présenté à cette occasion (disponible en anglais uniquement).

 

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