Beschrijving van de test
Testbeschrijving
In een tweede stap worden de isolaten nader bestudeerd door de LM-UGent (max. 1 isolaat per jaar, tenzij de RAPD verschillen vertoont).
Moleculaire bevestiging van identificatie
LM-UGent gebruikt sequentieanalyse van diverse genen om isolaten op soortniveau te identificeren, namelijk:
- Cupriavidus, Ralstonia, Pandorea: gyrB-gensequentie
- Stenotrophomonas: rpoD- gensequentie
- Achromobacter en Bordetella: nrdA-gensequentie
- Andere inerte gramnegatieve bacillen: 16S rRNA-sequentie
Indien nodig worden er nadere taxonomische studies via genoomsequentieanalyses uitgevoerd.
Multilocus-sequentieanalyse (MLST)
Alleen Achromobacter isolaten worden getypeerd met MLST. Isolaten van andere genera worden enkel getypeerd in uitzonderlijke omstandigheden en mits er een overeenkomst is.
Doel van de test
Het verband tussen een ongunstige klinische ontwikkeling van de longfunctie bij patiënten met mucoviscidose en de aanwezigheid van bepaalde micro-organismen in ademhalingsmonsters is nog steeds onvoldoende gedocumenteerd. Nauwkeurige en betrouwbare identificatie van inerte gramnegatieve bacillen en zelfs subtypering binnen soorten zijn noodzakelijk om de prognostische waarde van het kweken van deze micro-organismen beter te kunnen beoordelen. Hiervoor is het noodzakelijk om de modernste technieken te gebruiken om zo ver mogelijk te gaan in de karakterisering van deze isolaten.
Criteria om deze test uit te voerenals onderdeel van de referentieactiviteiten
- Patiënten met mucoviscidose: deze tests worden systematisch eenmaal per jaar per patiënt uitgevoerd, tenzij de RAPD aantoont dat er een nieuwe stam is ontstaan.
- Andere patiënten: deze testen worden alleen uitgevoerd voor speciale gevallen en taxonomische studies.
Staalname
Specimen
Geen aanvraag (zie hierboven)
Behoud
Geen aanvraag (zie hierboven)
Transport
Geen aanvraag (zie hierboven)
Onaanvaardbare aanvragen
Indicaties
Geen aanvraag (zie hierboven)
Staalname
Geen aanvraag (zie hierboven)
Turnaround time
- Moleculaire bevestiging van de identificatie: maximaal 17 dagen
- Multilocus sequence analysis (MLST): maximaal 90 dagen. In geval van vermoeden van interhumane transmissie, gelieve contact op te nemen met het NRC.
Rapportering van testresultaten
De resultaten worden door UZ Brussel meegedeeld. (zie hierboven)