Sinds 2010 is Sciensano betrokken bij het pluri-institutionele project naar de beoordeling van de performantie van het Belgische gezondheidssysteem (Health System Performance Assessment, HSPA), samen met het Federaal kenniscentrum voor de gezondheidszorg en het Rijksinstituut voor ziekte- en invaliditeitsverzekering. Elke 3 à 4 jaar voeren ze een check-up uit van het volledige Belgische gezondheidszorgsysteem. Sciensano helpt bij de selectie van de indicatoren en bewerkt de hoofdstukken over preventieve gezondheidszorg, gezondheidsstatus, gezondheidsdeterminanten en billijkheid.
Hiervoor verzamelt Sciensano gegevens van de algemene bevolking via de gezondheidsenquête, onder meer over het gebruik van gezondheidszorg, onvervulde medische behoeften, geneesmiddelengebruik, preventieve zorg, patiëntervaring en patiënttevredenheid. Sciensano houdt ook toezicht op de incidentie van infectieziekten bij de algemene bevolking en in de ziekenhuizen. Daarnaast beoordelen we ook het volledige ziektebeheer van bepaalde chronische ziekten (zoals diabetes).