Alle algemene ziekenhuizen in België (104 ziekenhuizen) rapporteren sinds 15 maart dagelijks het aantal nieuwe ziekenhuisopnames en -ontslagen van COVID-19-patiënten (incidentiecijfers). Daarnaast rapporteren ziekenhuizen het aantal COVID-19-patiënten die gehospitaliseerd zijn op het moment van rapportering (prevalentie).
Bij enkele ziekenhuizen kwamen de incidentiecijfers (nieuwe hospitalisaties en ontslagen) niet overeen met wat verwacht zou worden op basis van de prevalentie van dag tot dag. Bij nader onderzoek van de door de ziekenhuizen reeds gerapporteerde gegevens bleek dat een deel van de nieuwe hospitalisaties en ontslagen niet of anders gerapporteerd werden wat tot een onderschatting heeft geleid. Dit had verschillende redenen en was afhankelijk van de specificaties van de interne datasystemen die de ziekenhuizen hanteerden om de cijfers, vaak op een geautomatiseerde manier, aan Sciensano te rapporteren.