Genotypering via Whole Genome Sequencing

Beschrijving van de test

Omschrijving:

Extractie van genomisch DNA, sequencing via ISO geaccrediteerde methoden (zoals wet — en dry lab). Uit deze NGS, wordt de identificatie van het MLST (Multilocus Sequence Type) verricht volgens de methode van Ragon: Het “sequence type” (ST) en “clonal complex” (CC) worden bepaald aan de hand van 7 housekeeping genen, waarbij de sequenties on-line worden getoetst aan een database (Institut Pasteur, Paris).

cgMLST (core genome MLST): De sequentie van een reeks “kern genoom”-genen wordt bekomen via ‘Whole genome sequencing’ en vergeleken met een online databank (Institute Pasteur, Paris).

Resultaat :

Het bekomen profiel staat toe om de stammen te vergelijken met andere stammen en de bron van contaminatie te onderzoeken.

Doel van de test

Moleculaire subtypering van Listeria monocytogenes door NGS-gebaseerde analysen. 

Criteria voor het uitvoeren van deze test in het kader van de referentie activiteiten.

Moleculaire subtypering van alle Listeria monocytogenes stammen (bevestigd door het NRC) geïsoleerd uit patiënten die symptomen van een listeriose vertonen (analyse uitgevoerd in het kader van de surveillance van het NRC Listeria).

Instructies voor stalen

• Type: Geïsoleerde stammen Listeria op een transportbodem of een ander vast medium. Exceptioneel, kan ook een DNA-extract van het staal opgestuurd worden. 
• Minimale hoeveelheid: Niet van toepassing.

Instructies voor het transport

De stam wordt opgestuurd op kamertemperatuur en moet om veiligheidsredenen in een dubbele beschermcontainer verpakt zijn. Deze container moet hermetisch afgesloten zijn.​

Onaanvaardbare aanvragen

Niet van toepassing.

Turn around time (en de frequentie van analyse)

• Doorlooptijd : 20 werkdagen 
• Analysedagen: Elke weekdag ( uitgezonderd: feestdagen, verlengde weekends en de periode tussen Kerstmis en nieuwjaar).

Rapportering van testresultaten

Het analyseverslag wordt opgestuurd op de manier gewenst door de aanvrager.