Een stammencollectie is een verzameling van micro-organismen die levend en volgens specifieke wetenschappelijke procedures worden bewaard. 

Onderzoekers kunnen de stammen die ze tijdens hun werk hebben geïsoleerd of bij projecten hebben gebruikt, in een stammencollectie bewaren. Ze krijgen dan een wereldwijd uniek nummer waarmee ze in een database worden opgenomen. 
Het belangrijkste doel is om dit materiaal ter beschikking van de wetenschappelijke gemeenschap en de industrie te stellen, met het oog op onderzoek, onderwijs of ontwikkeling. De collecties maken ook de traceerbaarheid van stammen en dus het verloop van verder onderzoek mogelijk.