Genotypering van Norovirus

Beschrijving van de test

Sequenering van Norovirus

Doel van de test

Sequentiebepaling van de twee grensregio’s van de Open reading frames (ORF) 1 en 2, een hotspot van recombinatie binnen het norovirus genoom.

De doelstelling is om varianten op te sporen die eventueel geassocieerd zijn met verschillen in pathogeniciteit, als ook om uitbraken vast te leggen.

Criteria voor het uitvoeren van deze test in het kader van de referentie activiteiten.

Enkel uitgevoerd op PCR-positieve norovirus stalen:

• In kader van een gastro-enteritis uitbraak en wanneer de geanalyseerde stalen een negatieve bacteriële kweek opleveren. Per uitbraak worden er maximaal 5 stalen geanalyseerd.
• Surveillance

Instructies voor monsters

Type stalen:

• stoelgang (min 1 g)
• braaksel (min 1 ml)
• RNA extract (min 20 µl)

Bewaarcondities:

• Gekoeld 2-8°C (maximaal 14 dagen)
• RNA extract < -17°C

Instructies voor het transport

Transportcondities:

• Kamertemperatuur (maximaal 18 dagen)
• RNA extract ←17°C
• De transporttijd moet zo kort mogelijk zijn
• Verzending in hermetisch afgesloten recipiënt in 2-voudige verpakking.

Een bestelformulier toevoegen als het NRC het transportmedium/containers moet leveren

Onaanvaardbare aanvragen

• - Ongepast of ontoereikend staal
• - Onjuiste vervoer- of bewaarcondities
• - Aanvraagformulier niet volledig ingevuld

Turn around time (en de frequentie van analyse)

Effectieve doorlooptijd is afhankelijk van aantal ontvangen stalen en urgentie.

Rapportering van testresultaten

Het resultaten van de Norovirus diagnose wordt meegedeeld per post of per e-mail. Indien bij staalontvangst blijkt dat het staal dermate beschadigd is en een verdere analyse onmogelijk is, dan zal de aanvrager worden gecontacteerd.