Sciensano herbergt een rijke schimmelcollectie van meer dan 15 000 verschillende stammen van schimmels en gisten die een effect hebben op de gezondheid van mens of dier. Sciensano ontwikkelt methoden voor de identificatie van en het onderzoek naar besmettelijke schimmels, maar ook naar hun resistentie tegen antifungica.
De dienst Mycologie en Aerobiologie herbergt een collectie die is gericht op soorten van medisch en diergeneeskundig belang, allergene soorten en soorten die mycotoxines produceren. Deze stammen zijn beschikbaar voor wetenschappelijk onderzoek en voor de industrie. In het kader van de gezondheid van mens of dier kan een identificatieaanvraag of een aanvraag voor een andere mycologische analyse steeds worden gericht aan de dienst Mycologie en Aerobiologie.