In het kort
Een interoperabele architectuur is essentieel om beter voorbereid te zijn op mogelijke toekomstige pandemieën. Daarom werd een overkoepelende Belgische infrastructuur, be.Prepared genaamd, ontwikkeld om de surveillance van infectieziekten te verbeteren. be.Prepared ondersteunt de centrale verzameling, verwerking en koppeling van klinische/epidemiologische gegevens met microbiële genomische indicatorgegevens afkomstig van Whole Genome Sequencing (WGS)-analyse op een veilige manier.
Indien u meer informatie wenst, gelieve gebruik te maken van de HERA-Incubator-WGS webpagina.
Projectbeschrijving
HERA-BE-WGS, een verderzetting van het HERA-Incubator-WGS initiatief
Het huidige project blijft het management en de uitwisseling van microbiële genomische en klinische/epidemiologische gegevens verbeteren dankzij de ontwikkeling van een overkoepelende nationale e-gezondheidsarchitectuur, be.Prepared genaamd. Dit landschap bestaat uit een centraal data warehouse voor het verzamelen en opslaan van gegevens van het Nationaal Referentiecentrum (NRC) (d.w.z. klinische, epidemiologische en klassieke microbiologische resultaten) en genomische microbiologische resultaten, alsmede een centraal BioIT-platform en een centraal NRC-platform. De geharmoniseerde, gestandaardiseerde verwerking en rapportage van deze gegevenstypen in be.Prepared vergemakkelijkt de tijdige en efficiënte identificatie van mogelijke nieuwe varianten of andere opkomende infectieziekten. Het huidige initiatief richt zich op gegevensuitwisseling en -ophaling voor rapportage aan diverse belanghebbenden op het gebied van volksgezondheid. Gegevensexport is essentieel om het gebruik van bestaande surveillance- en visualisatie-instrumenten buiten het healthdata.be-platform mogelijk te maken en nationale en internationale rapportage te waarborgen.
Daarnaast is er ook behoefte aan een minimale gegevensstroom naast de genomische microbiële gegevens naar het centrale BioIT-platform, die het gebruik van genomische analysesoftware voor geautomatiseerde clusterdetectie en interactieve clusterexploratie mogelijk maakt, bij voorkeur beschikbaar te stellen in de omgeving van het NRC-platform in een later stadium van het project. Data governance en authenticatie voor toegang tot data in alle onderdelen van de nationale eHealth infrastructuur is cruciaal, en procedures worden gedefinieerd in overleg met experts binnen en buiten Sciensano.
Schematisch overzicht van de be.Prepared infrastructuur
De concrete gegevensarchitectuur, de bijbehorende componenten en de gegevensstromen tussen deze infrastructuren worden beschreven als de be.Prepared architectuur of landschap. Hieronder wordt een schematisch overzicht dit landschap beschreven:
Figuur 1: Een overzicht van de be.Prepared-architectuur met zijn verschillende componenten. Klinische en epidemiologische gegevens worden verzameld op het niveau van de nationale referentiecentra (NRC’s) en doorgestuurd naar Healthdata.be. De genomische gegevens worden doorgestuurd naar het BioIT-platform waar de primaire verwerking van de resultaten plaatsvindt. Vanuit het centrale BioIT-platform worden de genomische gegevens naar het centrale NRC-platform gestuurd, waarbij connectiviteit bestaat met het Healthdata.be-platform om klinische, epidemiologische en microbiële genomische gegevens binnen het NRC-platform te combineren overeenkomstig hun mandaten. Het Healthdata.be platform omvat het gepseudonimiseerde data warehouse dat gebruikt kan worden voor data rapportage en onderzoek.
Project onderzoekers
Dit project wordt mogelijk gemaakt door de onwrikbare inzet van de leden van het HERA-Incubator-WGS alsook het HERA-BE-WGS initiatief voor infectieziekten.
- Heleen Masset, Dienst Epidemiologie van Infectieziekten, Sciensano
- Amber Van Laer, Dienst Epidemiologie van Infectieziekten, Sciensano
- Christine Verfaillie, Dienst Epidemiologie van Infectieziekten, Sciensano
- Dieter Van Cauteren, Dienst Epidemiologie van Infectieziekten, Sciensano
- Ruben Brondeel, Dienst Epidemiologie van Infectieziekten, Sciensano
- Nathalie Bossuyt, Dienst Epidemiologie van Infectieziekten, Sciensano
- Yinthe Dockx, Dienst Epidemiologie van Infectieziekten, Sciensano
- Koen Blot, Dienst Epidemiologie van Infectieziekten, Sciensano
- Karin De Ridder, Wetenschappelijke Directie Epidemiologie en volksgezondheid, Sciensano
- Michaël Kelchtermans, Dienst Transversale activiteiten in Toegepaste Genomica, Sciensano
- Benoît Bergk Pinto, Dienst Transversale activiteiten in Toegepaste Genomica, Sciensano
- Kevin Vanneste, Dienst Transversale activiteiten in Toegepaste Genomica, Sciensano
- Raf Winand, Dienst Transversale activiteiten in Toegepaste Genomica, Sciensano
- Ann-Stephan Gori, Dienst Transversale activiteiten in Toegepaste Genomica, Sciensano
- Kato Milis, Dienst Transversale activiteiten in Toegepaste Genomica, Sciensano
- Stefan Hoffman, Dienst Transversale activiteiten in Toegepaste Genomica, Sciensano
- Sigrid De Keersmaecker, Dienst Transversale activiteiten in Toegepaste Genomica, Sciensano
- Lara Van den Bossche, Dienst Transversale activiteiten in Toegepaste Genomica, Sciensano
- Nancy Roosens, Dienst Transversale activiteiten in Toegepaste Genomica, Sciensano
- Philippe Herman, Wetenschappelijke Directie Biologische gezondheidsrisico’s, Sciensano
- Jolein Laumen, Dienst Bacteriële ziekten, Sciensano
- Florian Commans, Dienst Bacteriële ziekten, Sciensano
- Wesley Mattheus, Dienst Bacteriële ziekten, Sciensano
- Pieter-Jan Ceyssens, Dienst Bacteriële ziekten, Sciensano
- An Van Den Bossche, Dienst Bacteriële ziekten, Sciensano
- Vanessa Mathys, Dienst Bacteriële ziekten, Sciensano
- Sarah Denayer, Dienst Virale ziekten, Sciensano
- Cyril Barbezange, Dienst Virale ziekten, Sciensano
- François Dufrasne, Dienst Virale ziekten, Sciensano
- Sofie Leen, Dienst Virale ziekten, Sciensano
- Inne Nauwelaers, Dienst Virale ziekten, Sciensano
- Steven Van Gucht, Dienst Virale ziekten, Sciensano
- Katelijne Dierick, Wetenschappelijke Directie Infectieziekten in mensen, Sciensano
- Eric Mairiaux, Dienst LIMS, Sciensano
- Kenneth Eeckeman, Directie Informatie en communicatie technologie, Sciensano
- Marijke Pauwels, Dienst Healthdata.be, Sciensano
- Kurt Vanbrabant, Dienst Healthdata.be, Sciensano
- Jamal Rabaia, Dienst Healthdata.be, Sciensano
- Katrien Alpaerts, Dienst Healthdata.be — Strategie en Externe positionering (SEP), Sciensano
- Jean-Pierre Mathey, Dienst Healthdata.be — Strategie en Externe positionering (SEP), Sciensano
- Giulia Leonetti, Dienst Healthdata.be — Strategie en Externe positionering (SEP), Sciensano
- Daphné Rasier, Dienst Healthdata.be — Strategie en Externe positionering (SEP), Sciensano
- Ilse Dossche, Dienst Healthdata.be — Strategie en Externe positionering (SEP), Sciensano
- Gaetan Muyldermans, Dienst Healthdata.be — Strategie en Externe positionering (SEP), Sciensano
- Sofie De Broe, Strategie en Externe positionering (SEP), Sciensano
- Roel Heijlen, Dienst Kwaliteit, (Bio)veiligheid, en milieu, Sciensano
- Arnaud Capron, Dienst Kwaliteit van laboratoria, Sciensano
- Jorgen Stassijns, Dienst Crisis Coördinatie, Sciensano
Resultaten
EU-deliverables
Raadpleeg de ingediende EU-deliverables op de volgende officiële webpagina
Sustainability self-assessment matrix
Deze matrix is een openbaar beschikbaar hulpmiddel om landen en instellingen te helpen hun duurzaamheid van hun project te evalueren en te verbeteren.
Legaal kader
Informatieveiligheidscomité (IVC)
Voor het overkoepelende nationale informatiesysteem inzake volksgezondheid, be.Prepared genaamd, werd de Belgische IVC verzocht de gegevensverzameling als volgt goed te keuren:
- Op een generieke technische basis voor de verzameling en uitwisseling van persoonsgegevens voor gezondheidsdoeleinden in verband met Be-HERA (Goedkeuring op 12.09.2022)
- Op een toepassingsbasis voor de verzameling en uitwisseling van persoonsgegevens voor gezondheidsdoeleinden via Be-HERA met betrekking tot de rapportering van de nationale referentiecentra voor humane microbiologie (Goedkeuring 07.02.2023)
Privacyverklaring
De Privacyverklaring legt u op een duidelijke, transparante en eenvoudige maar correcte manier uit wanneer en hoe Sciensano persoonsgegevens verzamelt, gebruikt en beschermt: Privacyverklaring be.Prepared
Valorisatie
Kick-off HERA-BE-WGS
- Op 11.01.2023 vond de officiële kick-off meeting van HERA-BE-WGS plaats. De presentatie van deze bijeenkomst is publiek beschikbaar.
be.Prepared op (inter)nationale congressen
- Op 10.05.2023 vond het congres „Applied Bioinformatics and Public Health Microbiology (ABPHM)” plaats in Hinxton. Een wetenschappelijke poster genaamd „Development of a Belgian national cloud-based bioinformatics platform for centralised pathogen characterisation and outbreak detection” werd ontworpen en gepresenteerd.
- Op 11.05.2023 vond Sciensano’s Symposium voor Infectieziekten (SsID) plaats in Brussel. Voor dit HERA-BE-WGS project werden een wetenschappelijke poster en flyer ontworpen en gedemonstreerd tijdens het conference.
-
Op 15.03.2024 vond het congres „Antimicrobial Resistance — Genomes, Big Data and Emerging Technologies” plaats in de UK. De agenda omvatte een presentatie „The ambitious plan to integrate genomics and patient data in the surveillance of infectious disease and AMR in Belgium: Experiences from be.Prepared”.
On 24.03.2024 vond het high-level congres over de toekomst van de EU Health Union (Belgian Presidency) plaats in Brussel Future EU Health Union took place in Brussels. Voor deze gelegenheid werd een wetenschappelijke poster ontworpen, welke aan de deelnemers ook werd uitgedeeld als flyer.
-
Op 03.04.2024 vond het HERA Sequencing Symposium plaats in Brussel. Een korte presentatie getiteld “Exploring Grants & Actions for advancing laboratory and digital capacities for Health Emergency Preparedness and Response: HERA-BE-WGS” werd gegeven om een korte status updates van het project aan de verschillende Member States te geven.
- Op 26.04.2024 vond ESCMID Global (voormalig ECCMID) plaats in Barcelona. Hiervoor werd een wetenschappelijke poster ”be.Prepared to increase Belgian integration of health data as a way of strengthening preparedness for infectious diseases” ontworpen en gepresenteerd.
- Op 07.05.2024 vond het AMR Conference of the Belgian Presidency plaats in Brussel. De agenda bevatte onder andere de presentatie „Transition to timely genomic resistance surveillance”, welke verwees naar de reeds genomen acties in het project.
- Op 26.09.2024 vond de tweede U4S workshop „One Health” plaats in Brussel. Hiervoor stond, onder andere, een presentatie van be.Prepared op de agenda.
- Op 22.05.2025 vond Sciensano’s Symposium voor Infectieziekten (SsID) plaats in Brussels. Een wetenschappelijke poster „Salmonella spp. as a be.Prepared Case Study for Integrating Microbial Genomic and Health Data in Public Health Surveillance” was designed.
- Ook op 22.05.2025 vond het congres Applied Bioinformatics and Public Health Microbiology (ABPHM) plaats in Hinxton. De agenda bevatte een presentatie „be.Prepared: A cloud-based bioinformatics and coupled NRC usability platform for integrated genomic epidemiological analysis” welke een update gaf over de laatste nieuwe technische vorderingen van het project.
- Op 04.06.2025, het congres Strengthening Genomic Sequencing Capacities for Outbreak Preparedness and Response vond plaats in Brusel. Op de agenda stond een presentatie alsook een pannel gesprek gepland.
- Op 25.06.2025 vond het international symposium over Salmonella and Salmonellosis (I3S) plaats in Saint-Malo. Een wetenschappelijke poster getiteld „A BIGSdb-based central usability platform integrating microbial genomic, clinical and epidemiological data to strengthen the surveillance of Salmonella enterica in Belgium” werd ontworpen en gepresenteerd.
Closing Conference HERA-BE-WGS
- Op 16.06.2025, vond het HERA-BE-WGS Closing conference plaats in Elsene. Voor meer informatie kan volgende presentatie geconsulteerd worden.
Opmerking: Alle presentaties en posters zijn in het Engels, tenzij anders meegegeven.
Co-funded by the European Union. Views and opinions expressed are however those of the author(s) only and do not necessarily reflect those of the European Union or the European Commission. Neither the European Union nor the granting authority can be held responsible for them.
Projectonderzoekers van Sciensano
Partners
